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Montagem de mock reference e busca de SNPs para Megathyrsus maximus

Processo: 19/10747-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de julho de 2019
Vigência (Término): 30 de novembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Lucas Leme Pinheiro
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Plantas forrageiras   Genômica   Técnicas de genotipagem   Polimorfismo de um único nucleotídeo

Resumo

Megathyrsus maximus (sin. Panicum maximum) é a segunda espécie de forrageira tropical mais comercializada no Brasil e se destaca pela alta produtividade e adaptabilidade a diferentes tipos de solo. Devido ao seu complexo genoma autotetraploide, poucas são as informações genéticas disponíveis. Genomas de espécies filogeneticamente próximas têm sido utilizados como referência na identificação de SNPs (Single Nucleotide Polimorphism) de M. maximus em estudos genômicos. Entretanto, caracteres apomórficos de interesse econômico da forrageira não são incluídos nessas abordagens. Nesse contexto, o projeto visa a construção de um Mock Reference para M. maximus a partir de dados de genotipagem por sequenciamento (GBS - Genotyping By Sequencing) obtidos previamente e a identificação de marcadores SNPs com base no alinhamento dos dados de GBS com o genoma Mock. A montagem desse genoma e a busca dos marcadores serão realizadas pelo pipeline GBS-SNP-CROP, uma vez que possui estratégias para realizar a chamada de SNPs em cenários em que não há um genoma disponível. Os marcadores identificados poderão complementar o mapa de ligação construído pelo nosso grupo e também poderá ser utilizado em estudos genômicos posteriores, portanto, contribuirá para o aumento do conhecimento da espécie e de outras forrageiras.