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Implementação, avaliação e aplicação do uso de dados de espectrometria de massas na modelagem de estrutura de proteínas

Processo: 19/07961-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2019
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
Pesquisador responsável:Fabio Cesar Gozzo
Beneficiário:Amanda Miquilini Cordibello Marques
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/17264-3 - Novas fronteiras em proteômica estrutural: caracterizando estruturas de proteínas e complexos proteicos por espectrometria de massas, AP.TEM
Assunto(s):Espectrometria de massas   Modelagem   Elementos estruturais de proteínas

Resumo

O uso de dados de espectrometria de massas na caracterização estrutural de proteínas é muito atraente devido às características atraentes da técnica, como alta sensibilidade, velocidade de análise e, principalmente, sua universalidade de aplicação. Apesar do sucesso da aplicação da técnica de ligação cruzada (cross-linking)/espectrometria de massas (XLMS) na elucidação da estrutura de complexos proteína-proteína, não há ainda uma forma efetiva de se utilizar esses dados na caracterização estrutural de proteínas. Recentemente, nosso grupo apresentou a primeira metodologia efetiva do uso de dados de XLMS na modelagem de estrutura terciária de proteínas, chamado cross-linking force field (XLFF). Recentemente também, estabelecemos uma colaboração com o grupo de pesquisa do Prof. Frank Dimaio (Univ. Washington) para a integração do XLFF em um novo protocolo de modelagem chamado Hybridize, baseado no Rosetta CM (Comparative Modeling) de proteínas que mostrou excelentes resultados iniciais. Dentro deste contexto, este projeto visa elaborar um protocolo ainda mais efetivo usando Hybridize junto com o potencial XLFF, caminhando assim para um protocolo efetivo de uso de dados experimentais baseados em XLMS na modelagem de proteínas. Esse projeto se insere dentro do projeto temático "Novas fronteiras em proteômica estrutural: caracterizando estruturas de proteínas e complexos proteicos por espectrometria de massas", contemplando ainda um dos principais objetivos do projeto que é o "desenvolvimento de metodologias de modelagem baseadas em dados experimentais de espectrometria de massas"