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Estudo da diversidade da região V3 do HIV-1 em pacientes em diferentes estágios clínicos

Processo: 19/09841-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de julho de 2019
Vigência (Término): 30 de junho de 2020
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Shirley Cavalcante Vasconcelos
Beneficiário:Matheus Borri Marroni
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Infectologia   Sistema imune   Antirretrovirais   HIV   AIDS   Reação em cadeia por polimerase (PCR)   Sequenciamento

Resumo

O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) é o agente etiológico da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida (aids). O envelope do vírus contém a glicoproteína 120 (gp120) que é formada por cinco regiões constantes e cinco variáveis, dentre as quais está a alça V3. A alça/região V3 é formada por 35 aminoácidos sendo um dos principais alvos do sistema imune e em seu topo (motif) possui uma tétrade de aminoácidos que distingue as variantes antigênicas americana (GPGR) da brasileira (GWGR). Ela é responsável pelo tropismo do vírus e eventos de entrada, além disso, podem induzir ambas respostas imunes celulares: as de células T helper e células T citotóxicas. Por estes motivos vem sendo estudada ao longo dos anos para o desenho de vacinas e drogas. Por ser alvo do sistema imune e também de uma droga ocorre a seleção de variantes (quasispécies) virais com melhor capacidade de replicação e sobrevivência no hospedeiro, o que leva a constante geração de diversidade. Neste projeto o objetivo principal é analisar a diversidade da região V3 do HIV-1 entre amostras de pacientes HIV positivos em falha terapêutica a diferentes esquemas de drogas antirretrovirais e recém diagnosticados. Durante o estudo serão analisados por meio da Reação em Cadeia da Polimerase e sequenciamento de Sanger, 100 amostras de RNAs purificados de plasmas de pacientes infectados pelo HIV-1. Para caracterizar o tropismo viral será utilizado o site Geno2pheno (https://coreceptor.geno2pheno.org/). As seqüências serão editadas no software Sequencher (Gene Codes Corporation), alinhadas no software Bioedit (Clustal X program). A taxa de substituições sinônimas e não sinônimas da região C2V3C3 para verificação da pressão seletiva será realizada utilizando ferramenta do site HIV databases (https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/SNAP/SNAP.html), entre os grupos de pacientes em falha terapêutica e recém diagnosticados HIV+ e sem tratamento com antirretrovirais.