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Estudo de associação ampla e detecção de assinaturas de seleção no genoma de bovinos Nelore usando dados de sequenciamento

Processo: 19/15397-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2019
Vigência (Término): 30 de setembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Henrique Nunes de Oliveira
Beneficiário:Amanda Marchi Maiorano
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM
Assunto(s):Genética molecular   Genes   Locos de características quantitativas

Resumo

O processo de adaptação as condições tropicais e o histórico de seleção dos animais Nelore no Brasil fazem desta raça um interessante instrumento de estudo na detecção de assinaturas de seleção. Os objetivos do presente estudo serão usar dados de sequenciamento do genoma de bovinos Nelore para investigar assinaturas de seleção, por meio de padrões de ilhas de homozigose (ilhas de ROH) e da estatística hapFLK, e realizar análise de "single-step" GWAS (ssGWAS) para estudar a arquitetura genética da característica valor adaptativo anual realizado do indivíduo (pij). As análises propostas permitirão identificar genes e QTL no genoma da raça Nelore. O sequenciamento de 150 touros Nelore será realizado considerando a plataforma Hiseq 4000 da Illumina, a qual permite cobertura genômica média de 10X por amostra. O critério de escolha dos touros será a maior contribuição para a diversidade genética da população recente de Nelore no Brasil. O programa PLINK v1.90 será usado para identificar ilhas de ROH. Segmentos em homozigose compartilhados por mais de 50% dos animais serão usados como indicadores de ilhas de ROH, as quais serão utilizadas para identificar assinaturas de seleção. A estatística hapFLK será calculada por cromossomo usando os programas hapFLK v.1.4 e fastPhase. Um modelo genético animal será proposto para estimar componentes de (co)variâncias e na análise ssGWAS da característica pij. Regiões do genoma que forem significativas nos três métodos propostos serão investigadas para verificar se sobrepõem com regiões de genes e QLT previamente descritas em bovinos. As análises funcionais de genes mapeados e vias metabólicas serão realizadas considerando o banco de dados DAVID v6.7.