Filogenômica e genômica populacional aplicada a espécies do gênero cereus (Cactaceae)

• Processo: 19/10341-6
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Vigência (Início): 04 de fevereiro de 2020
• Vigência (Término): 04 de abril de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Fernando de Faria Franco
• Beneficiário: Fernando de Faria Franco
• Anfitrião: Deren Eaton
• Instituição-sede: Centro de Ciências Humanas e Biológicas (CCHB). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
• Local de pesquisa : Columbia University in the City of New York, Estados Unidos
• Assunto(s): Filogenia molecular Filogeografia Cactaceae Marcador molecular

Resumo

Nesse estudo, dados genéticos gerados pela técnica genômica de sequenciamento massivo de sequências associadas a sítios de restrição (ddRAD-seq, double-digest Restriction-site Associated DNA sequencing) serão usados para investigar aspectos biogeográficos e evolutivos em espécies do gênero Cereus (Cactaceae). Dois subprojetos compõem essa proposta. No subprojeto 1, dados ddRAD previamente obtidos em um projeto anterior para 64 amostras subdivididas em 36 espécies (24 ingroups e 11 outgroups), serão usados para realização de diferentes análises coalescentes para inferência filogenética, calibração da filogenia e reconstrução biogeográfica de Cereus. Além disso, serão realizadas análises para identificar SNPs sob seleção que tenham sinal filogenético e que sejam relacionados a fenótipos funcionais candidatos e/ou a variáveis climáticas, com o intuito de identificar sequencias candidatas que tenham relevância para explicar a diversificação do grupo. Para o subprojeto 2, os dados ddRAD estão parcialmente coletados e, após complementação, serão usados para investigar a estrutura populacional, relações genealógicas, flutuações demográficas e estimativas de fluxo gênico para duas espécies de Cereus, que compõem um grupo monofilético de ocorrência na região costeira do Brasil: C. fernambucensis e C. insularis. Nesse subprojeto, modelos alternativos serão estabelecidos para testar uma hipótese prévia de origem peripátrica de C. insularis, uma espécie endêmica do arquipélago Fernando de Noronha. Finalmente, com a expertise adquirida durante o projeto, pretende-se organizar um curso teórico-prático, nível pós-graduação, sobre filtragem de SNPs e análises de dados genômicos.