Identificação dos alvos do gene HOXB2 em linhagem celular de glioblastoma através da técnica promotor capture Hi-C

• Processo: 19/17348-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 06 de janeiro de 2020
• Data de Término da vigência: 05 de maio de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Wilson Araújo da Silva Junior
• Beneficiário: Natália Volgarine Scaraboto Bonfa
• Supervisor: Peter Fraser
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Florida State University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 17/24027-6 - Análise de vias gênicas reguladas pelo gene HOXB2 em glioblastoma, BP.MS
• Assunto(s): Genética do câncer Glioblastoma Expressão gênica Regulação da expressão gênica Controle gênico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: glioblastoma | HOXB2 gene | regulatory elements | targets | Genética do câncer

Resumo

O glioblastoma (GBM) é a neoplasia mais comum e letal que acomete células astrocíticas, com crescimento extremamente agressivo e invasivo. É marcado por baixas taxas de sobrevida, geralmente pouco mais de um ano. Neste tumor, há uma intensa desregulação na expressão gênica, destacando a up-regulação de 33 genes HOX. Destes, nós descobrimos que altos níveis de expressão do gene HOXB2 estão correlacionados com baixa sobrevida em GBM. Dados dos estudos conduzidos como parte do meu projeto de mestrado revelaram que o silenciamento do HOXB2 promove drásticas alterações fenotípicas em duas linhagens celulares de GBM, com diminuição da proliferação celular e parada do ciclo celular. Neste contexto, nosso principal objetivo é elucidar os alvos do HOXB2, para melhor entender seu papel na regulação gênica e no desenvolvimento do GBM. Para isso, nós temos aplicado as técnicas de ChiP-seq e RNA-seq, no entanto, elas permitem apenas uma avaliação parcial dos alvos de HOXB2 e não distinguem alvos diretos e indiretos. Portanto, pretendemos realizar o Promotor Capture Hi-C (PCHi-C), um método desenvolvido a partir do Hi-C que permite a detecção de regiões de interação entre o promotor e elementos regulatórios distais, através de um sistema de captura baseado em iscas de RNA biotiniladas. Aliado aos dados do nosso ChiP-seq, o PCHi-C fornecerá uma ampla elucidação dos alvos HOXB2 e seus elementos de controle genômico de longo alcance, com potenciais perspectivas terapêuticas. A técnica e a análise do PCHi-C serão realizadas em colaboração com o Dr. Peter Fraser, que trabalhou em seu desenvolvimento. (AU)