Genômica comparativa dos determinantes de R-bodies

• Processo: 19/10764-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia
• Pesquisador responsável: Robson Francisco de Souza
• Beneficiário: Gabriel Sánchez Hueck
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Evolução molecular Genômica comparativa Filogenia Genomas Aminoácidos Polimerização
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análise de vizinhança | genes reb | genômica comparativa | Kappa particles | R bodies | Evolução molecular

Resumo

A presença de refractile (R) bodies, estruturas proteicas capazes de distender-se por influência bioquímica, servindo como potenciais ferramentas de entrega de toxinas, tem sido verificada em bactérias endossimbiontes e de vida livre, mas a distribuição, o papel e contexto genômico dos genes reb, seus principais componentes, ainda não são bem descritos. Genes possuindo o domínio rebB aparecem no genoma de diversas espécies de proteobactérias, bacteroidetes e acidobactérias, comumente presentes em arranjos de múltiplas cópias contíguas, mas com composição e distribuição variadas. Nos organismos onde foram caracterizados experimentalmente, a formação dos R-bodies depende da presença de diferentes membros da família reb para garantir a polimerização. Alguns genes auxiliares e reguladores, pertences a outras famílias, foram identificados, contudo os domínios e a distribuição taxonômica destes genes ainda não foram plenamente caracterizados. A ordem exata dos eventos de duplicação e transferência lateral dos genes reb e seus vizinhos também permanecem indefinidos. Aplicando métodos de análise de dados a genomas sequenciados, pretendemos explorar a presença de homólogos de rebB e identificar novos genes cuja função possa estar associada aos R-bodies. Nossa análise permitirá inferir a história evolutiva dos R-bodies e identificar os fatores que influenciam sua distribuição. A base de nossa estratégia será a aplicação de ferramentas para identificação de blocos de genes conservados, métodos de comparação de filogenias e medidas de correlação no padrão de substituição de aminoácidos. Os potenciais genes associados identificados neste trabalho servirão como candidatos para caracterização experimental em trabalhos futuros, com destaque para a possível presença de toxinas e antitoxinas.