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Abordagens genômicas para revelar a estrutura epigenômoica em trypanossomas sujeitos a mudanças no seu estado metabólico e durante o ciclo celular

Processo: 19/19690-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2019
Vigência (Término): 30 de setembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
Convênio/Acordo: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
Pesquisador responsável:Ariel Mariano Silber
Beneficiário:Alex Ranieri Jerônimo Lima
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/14432-3 - Uma rede para uma biologia integrativa em doenças negligenciadas: conectando a epigenética, o metabolismo e a biologia celular em tripanossomatídeos patogênicos, AP.TEM
Assunto(s):Metabolismo   Leishmania   Epigênese genética   Trypanosoma   Ciclo celular

Resumo

Parasitas submetidos a diferentes contextos metabólicos, como estresse metabólico grave ou condições de estresse metabólico na presença de fontes únicas de carbono e energia para manutenção (PBS suplementado com glicose, prolina, histidina ou leucina) podem ter epigenomos diferentes. Essas diferenças podem afetar o ciclo celular, diferenciação ou invasão de células hospedeiras entre outros processos. Nesta proposta, avaliaremos o epigenoma de parasitas mantidos em diferentes condições metabólicas. Tiraremos proveito de dois métodos genômicos que permitem identificar a posição dos nucleossomos, bem como sequências regulatórias putativas, possivelmente associadas a regiões transcritas altamente ativas. Essas duas abordagens serão complementares e possibilitarão discriminar regiões genômicas importantes imparciais associadas aos estados metabólicos ou ao ciclo celular. Para esse fim, uma abordagem bioinformática intensa para integrar esses conjuntos de dados, bem como explorar anotações funcionais disponíveis em conjuntos de dados públicos. também ser implementado. Além disso, a comparação entre os dados de T.cruzi e Leishmania será usada como um recurso valioso para melhor entender as semelhanças e diferenças inerentes à sua biologia. (AU)