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Identificação de polimorfismos regulatórios da expressão gênica no tecido muscular e sua associação com características de carcaça em bovinos

Processo: 19/18385-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2019
Vigência (Término): 30 de novembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Bárbara Silva Vignato
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Rendimento de carcaça   Regulação da expressão gênica   Polimorfismo de um único nucleotídeo

Resumo

O maior objetivo da indústria da carne têm sido a produção de animais com alto rendimento de cortes e adequada proporção de gordura na carcaça. Assim, pesquisas que visam compreender os mecanismos moleculares envolvidos na regulação de características associadas a deposição muscular e de gordura na carcaça, como a área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), têm se destacado. O presente estudo tem como objetivo identificar polimorfismos regulatórios da expressão gênica (eQTL - expression quantitative trait loci) associados a AOL e a EGS no músculo esquelético de bovinos Nelore. Para tal, serão utilizados dados de RNA-Seq do músculo Longissimus dorsi de 200 animais. O programa GATK será usado para identificar SNPs nos dados de RNA-Seq com a opção de haplótipos. Para associação dos marcadores identificados com o fenótipo será realizado estudo de associação genômica. A identificação dos eQTLs será feita com o uso do EMMAX, a partir dos dados de SNPs e de expressão gênica. Para cada SNP no conjunto de dados, a associação com a expressão gênica será estimada ajustando a matriz de relacionamento genômico para explicar a estrutura da população. Serão considerados cis- e trans-eQTLs. A anotação dos genes presentes nas regiões de eQTL será realizada com o uso do Biomart/Ensembl. O DAVID e WebGestalt serão empregados na análise de enriquecimento funcional para descobrir termos do Gene Ontology e vias metabólicas nos quais esses genes estão envolvidos. Os resultados do presente estudo nos permitirão compreender os mecanismos da expressão gênica envolvidos na regulação de características de carcaça de relevância econômica, podendo aumentar sua acurácia em programas de seleção animal e, contribuindo com o avanço das pesquisas científicas na área.