Descrevendo novas moléculas na cromatina de Trypanosoma cruzi por imunoprecipitação de cromatina locus específica

• Processo: 19/19834-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2020
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Julia Pinheiro Chagas da Cunha
• Beneficiário: Hellida Marina Costa Silva
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/15553-9 - Indo a fundo na regulação da cromatina de Trypanosoma cruzi: identificação de novas moléculas e questionando seu possível impacto no controle da transcrição, AP.JP2
• Assunto(s): Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas Proteína 9 associada à CRISPR Trypanosoma cruzi
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: ativação gênica | Cas9 | Crispr | Imunoprecipitação de Cromatina | Proteínas associadas a cromatina | Silenciamento | Trypanosoma cruzi | Biologia de tripanossomatideos

Resumo

No JP1, nosso grupo descreveu muitas proteínas associadas à cromatina, bem como mais de 40 modificações pós-traducionais de histonas diferencialmente expressas em formas de vida replicativas versus não replicativas em Trypanosoma cruzi. Regiões clássicas de eu e heterocromatina estão presentes em seu núcleo e mudam dramaticamente durante a diferenciação de epimastigotas para metacíclicos (E-M). Tradicionalmente, essas regiões da cromatina (e algumas modificações pós-traducionais de histonas) estão associadas à regulação da transcrição. Estes conjuntos de dados, no entanto, não permitem a associação de uma determinada proteína (ou um conjunto de) a um locus genômico específico. Isso, por sua vez, aumentaria a compreensão sobre a biologia da cromatina, possivelmente descrevendo funções não preditas da proteína e do contexto genômico. Recentemente, metodologias de ponta foram desenvolvidas para recuperar proteínas associadas a um determinado locus. Assim, neste projeto avaliaremos o conteúdo de cromatina de regiões específicas do genoma de T. cruzi usando dCas9-Flag (estratégias in vitro e in vivo) guiadas para regiões genômicas específicas (ou seja, TTS, TSS, regiões teloméricas, origens de replicação, regiões promotoras SL; subunidade pequena e 24S do rRNA (transcritos de RNA Pol I); regiões de tRNA e soRNA (transcritos de RNA Pol III)). A comparação entre o conteúdo de cromatina associada de cada locus, juntamente com a avaliação de (possíveis) mudanças durante a diferenciação E-M (e ciclo celular) pode contribuir para uma melhor compreensão dos fatores envolvidos no estabelecimento e manutenção do silenciamento / ativação gênica, bem como como descrever os principais componentes proteicos associados à diferenciação / ciclo celular. Finalmente, o papel de 1-2 alvos será explorado através do sistema CRISPR / Cas9 para a geração de parasitas nocautes (KO) e proteínas marcadas.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

JERONIMO LIMA, ALEX RANIERI; DE SOUSA SILVA, HERBERT GUIMARAES; POUBEL, SALOE; ROSON, JULIANA NUNES; OLIVEIRA DE LIMA, LOYZE PAOLA; COSTA-SILVA, HELLIDA MARINA; GONCALVES, CAMILA SILVA; GALANTE, PEDRO A. F.; HOLETZ, FABIOLA; MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO M.; et al. Open chromatin analysis in Trypanosoma cruzi life forms highlights critical differences in genomic compartments and developmental regulation at tDNA loci. EPIGENETICS & CHROMATIN, v. 15, n. 1, p. 16-pg., 2022-06-01. (13/07467-1, 18/15553-9, 20/02708-4, 18/14432-3, 19/19834-5, 19/19690-3)

ROSON, JULIANA NUNES; VITARELLI, MARCELA DE OLIVEIRA J.; COSTA-SILVA, HELLIDA MARINA; PEREIRA, KAMILLE SCHMITT; PIRES, DAVID DA SILVA; LOPES, LETICIA DE SOUSA; CORDEIRO, BARBARA; KRAUS, AMELIE; CRUZ, KARIN NAVARRO TOZZI; CALDERANO, SIMONE GUEDES; et al. 2B.V demarcates divergent strand-switch regions, some tDNA loci, and genome compartments in Trypanosoma cruzi and affects parasite differentiation and host cell invasio. PLOS PATHOGENS, v. 18, n. 2, FEB 2022. (18/15553-9, 16/50050-2, 17/06104-3, 19/04483-2, 19/16033-1, 13/07467-1, 19/19834-5)