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Reavaliação das espécies de mamíferos que se acredita estar localmente extintos no Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), a partir de DNA de amostras mistas e metabarcoding

Processo: 19/26436-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2020
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:Pedro Manoel Galetti Junior
Beneficiário:Carolina da Silva Carvalho
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/23548-2 - Avaliação, recuperação e conservação da fauna ameaçada de extinção do Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), AP.TEM
Assunto(s):Ecologia molecular   Mamíferos   Biodiversidade   Zoologia (classificação)   Análise de sequência de DNA   Pernambuco

Resumo

O Centro de Endemismo Pernambuco (CEP) é um dos cinco centro de endemismo da Mata Atlântica e atualmente constitui de remanescentes florestais com um alto grau de degradação. Como consequência, diversas espécies endêmicas dessa região então em risco iminente de extinção, e portanto, o CEP é um dos hotspots com maior urgência para a conservação. Estudar a composição de mamíferos é o primeiro passo para entender a biodiversidade e taxas de endemismo e extinções no CEP e, portanto delinear políticas de conservação efetivas, uma vez que esses animais ocupam uma grande variedade de nichos ecológicos, são responsáveis por diversas funções chave do ecossistema e contem espécies que são sensíveis ao disturbo antrópico. Embora a identificação taxonômica para mamíferos não seja um grande desafio, a sua baixa abundância e hábitos noturnos e elusivos fazem com que a sua detecção em campo seja difícil com ferramentas de amostragem tradicionais. Afortunadamente, o avanço de técnicas de sequenciamento de nova geração e ferramentas de metabarcoding tem ajudado a contornar a maioria dessas limitações, e tem se consolidado com uma ferramenta rápida e eficiente para monitorar a biodiversidade. eDNA e iDNA, são duas técnicas de metabarcoding baseadas na amostragem de DNA do ambiente e DNA derivado de invertebrado, respectivamente. Embora eDNA tem sido utilizado com sucesso no monitoramento de ecossistemas aquáticos (amostras de água), sua eficácia no monitoramento de vertebrados terrestre é ainda limitada. Por outro lado, mosquitos hematófago são particularmente adequados para estudos de monitoramento de vertebrados pois são fáceis de capturar e contém DNA de melhor qualidade quando comparado ao DNA obtido com amostras de solo. Dentro deste contexto, esse trabalho visará reavaliar a presença ou ausência de mamíferos considerados localmente extintos no Centro de Endemismo Pernambuco (CEP), utilizando amostras de DNA obtido do sangue de mosquitos hematófagos e análise de metabarcoding. Especificamente, esse trabalho tem por objetivo avaliar a ocorrência de espécies de mamíferos de pequeno, médio e grande porte na área; desenvolver um protocolo inédito no Brasil de análise metabarcoding para identificação da comunidade de vertebrados baseado em amostras mistas de DNA, provenientes do sangue de mosquitos hematófagos; contribuir com o levantamento de espécies de mamíferos que ocorrem no CEP; gerar uma base de dados de barcode genético das espécies de mamíferos que ocorrem no CEP. Os mosquitos hematófagos serão coletados em busca ativa com auxilio de puçás e gravid trap, que são armadilhas que atraem fêmeas de mosquitos que estão prestes a pôr ovos, uma vez que a oviposição requer a energia da ingestão de sangue. Todos os mosquitos hematófagos serão preservados em álcool 95%. Depois de triados, fêmeas com estomago cheio serão separadas e terão o abdômen retirado para extração do DNA. Para a análise de metabarcoding serão inicialmente utilizados primers 12S e 16S já utilizados em trabalhos anteriores para identificação de mamíferos. O sequenciamento em larga escala será realizado na plataforma Illumina. As sequencias obtidas serão comparadas com sequencias obtidas previamente pelo grupo de pesquisa e com sequencias disponíveis em distintos bancos de dados, e analisadas com programas modernos de bioinformática. Com dados obtidos nesse trabalho pretende-se contribuir com o manejo e conservação das espécies de mamíferos encontradas na área do CEP. Todos os resultados serão apresentados em congressos e submetidos para publicação em artigos científicos. (AU)