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Sequenciamento de genoma completo e análise filogenética de linhagens de Salmonella Infantis isoladas de fontes diversas no Brasil

Processo: 19/24815-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2020
Vigência (Término): 30 de novembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Juliana Pfrimer Falcão
Beneficiário:Felipe Pinheiro Vilela
Supervisor no Exterior: Abigail B Snyder
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : Cornell University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:19/06947-6 - Caracterização molecular da diversidade genotípica, perfil de resistência e potencial patogênico de linhagens de Salmonella Infantis isoladas de fontes diversas no Brasil, BP.MS
Assunto(s):Bacteriologia

Resumo

A salmonelose causada por sorovariedades não-tifóides de Salmonella está entre as infecções causadas por alimentos mais frequentes no mundo. Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis (S. Infantis) é uma sorovariedade hospedeiro-inespecífica capaz de infectar múltiplos reservatórios animais além de humanos. Essa sorovariedade vem sendo relatada entre as mais comumente isoladas no Brasil. Diferentes técnicas de tipagem molecular vem sendo empregadas com sucesso para subtipar linhagens de S. infantis isoladas neste país e outras regiões do mundo. No entanto, apesar da importância clínica e econômica das infecções por S. Infantis, não há estudos que utilizem técnicas baseadas no sequenciamento de genoma completo (WGS) para subtipar um grande número de linhagens isoladas no Brasil. Os objetivos deste projeto são realizar o WGS para 149 linhagens de S. infantis isoladas de humanos (n=30), alimentos (n=43), animais (n=33) e ambiente (n=43) no Brasil entre 2013 e 2018 caracterizar estas linhagens pela análise de Single-Nucleotide Polymorphisms (SNPs) e core genome Multilocus Sequencing Type (cgMLST); e verificar a presença de genes de virulência e resistência a antimicrobianos. Durante o período proposto de estágio, o WGS será realizado sob a supervisão do Dr. Marc W. Allard no Food and Drug Administration (FDA), e a montagem, anotação e análises genômicas serão realizadas sob a supervisão da Profa. Dra. Abigail B. Snyder na Cornell University. Esses resultados contribuirão para uma melhor caracterização das linhagens de S. Infantis circulantes no Brasil em anos recentes, e permitirão elucidar características genotípicas relacionadas a diferentes perfis de resistência a antimicrobianos e virulência que proporcionarão um melhor entendimento da infecção e doença causada por esta sorovariedade de grande importância clínica no país.