Aplicação de ferramentas genômicas para o estudo de bases de dados epidemiológicos

• Processo: 19/27139-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2020
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Juan Carlo Santos e Silva
• Instituição Sede: Centro de Inovação da USP (INOVA). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14933-2 - Biologia integrativa aplicada à saúde humana, AP.JP2
• Assunto(s): Biologia de sistemas Aprendizado computacional Genômica Bases de dados científicos Epidemiologia Comorbidade
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análises genômicas | Bancos de Dados | Comorbidades | Dados epidemiológicos | Integração | malária | Biologia de Sistemas

Resumo

Dados relacionados com a saúde humana, desde informações clínicas e epidemiológicas até imagens médicas e experimentos ômicos, estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratamento. Este projeto propõe abordagens inovadoras para: analisar imensas bases de dados epidemiológicos; mapear hotspots de transmissão de doenças; integrar dados de transcritoma com dados clínicos e imunológicos; e usar aprendizado de máquina para interpretação e análise de imagens microscópicas. Técnicas atuais e modernas de análises de biologia de sistemas e aprendizado de máquina serão utilizadas e até mesmo desenvolvidas para cada abordagem, levando em conta os fundamentos da biologia integrativa. Espera-se que os resultados do projeto possam esclarecer diversos problemas relacionados à saúde humana, da análise automática de lâminas microscópicas até os mecanismos moleculares de doenças infecciosas e inflamatórias. (AU)

Publicações científicas

(8)

(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)

SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; YONEHARA NOMA, ISABELLA HARUMI; NORONHA, NATALIA YUMI; AQUINO, RODRIGO; GIDDALURU, JEEVAN; DURAO, LUIZ; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SCHUCH, VIVIANE; MORAES-VIEIRA, PEDRO M.; et al. . CLINICAL NUTRITION ESPEN, v. 44, p. 475-478, AUG 2021. (19/27139-5, 18/14933-2, 20/04579-7, 19/27146-1)

GUERRA, CECILIA VICTORIA CARABALLO; DA SILVA, BERNARDO MAIA; MULLER, PIA; BAIA-DA-SILVA, DJANE CLARYS; MOURA, MARCO ANTONIO SABOIA; ARAUJO, JOSE DENEY ALVES; SILVA, JUAN CARLO SANTOS E; SILVA-NETO, ALEXANDRE VILHENA; DA SILVA BALIEIRO, ANTONIO ALCIRLEY; DA COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; et al. . SCIENTIFIC REPORTS, v. 12, n. 1, p. 9-pg., 2022-05-31. (19/27139-5)

CHAVES, BEATRIZ; SILVA, JUAN CARLO; NAKAYA, HELDER; SOCQUET-JUGLARD, NICOLAS; BUCCIARELLI, FLORENCE; PRUNIER, GUILHEN; ALMEIDA, MATHEUS V.; LACOUTURE, CLAIRE; KARI, SANIYA; ASTIER, ANNE L.; et al. . NATURE COMMUNICATIONS, v. 16, n. 1, p. 15-pg., 2025-07-01. (19/27139-5, 18/14933-2)

FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; JAEPEL, MAJ; GYAMFI, MICHAEL ADU; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; BAIOCHI, GABRIELA CRISPIM; OSTRINSKI, YURI; HALPERT, GILAD; LAVI, YAEL BUBLIL; VOJDANI, ELROY; SILVA-SOUSA, THAYNA; et al. . NPJ SYSTEMS BIOLOGY AND APPLICATIONS, v. 11, n. 1, p. 13-pg., 2025-01-13. (20/16246-2, 19/27139-5, 18/18886-9, 20/01688-0, 23/13356-0, 20/07972-1, 23/12268-0, 23/07806-2, 23/06086-6, 20/09146-1, 20/07069-0)

SANTIAGO-CARVALHO, IGOR; DE ALMEIDA-SANTOS, GISLANE; BARBOSA BOMFIM, CAIO CESAR; DE SOUZA, PAULA CAROLINA; SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; SILVA DE MELO, BRUNO MARCEL; AMARAL, EDUARDO PINHEIRO; PINHEIRO CIONE, MARCOS VINICIOS; LASUNSKAIA, ELENA; HIRATA, MARIO HIROYUKI; et al. . FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 11, MAY 5 2021. (19/24700-8, 19/27139-5, 20/09043-8, 17/11030-9, 15/20432-8)

VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; SIMIZO, ADRIANA; AVILA, JONATHAN PENA; GOLDSTEIN, GABRIEL NASSAR REICH; DE OLIVEIRA, PEDRO HENRIQUE PRADO; GARCIA, HENRY MOGOLLON; DE CARVALHO FRAGA, CARLOS ALBERTO; NAKAYA, HELDER, I. . Endocrinology, v. 165, n. 12, p. 6-pg., 2024-11-20. (18/14933-2, 19/27146-1, 19/27139-5, 23/13452-9)

ARAUJO, JOSE DENEY; SANTOS-E-SILVA, JUAN CARLO; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SAMPAIO, VANDERSON; CASTRO, DANIEL BARROS DE; SOUZA, ROBSON F. DE; GIDDALURU, JEEVAN; RAMOS, PABLO IVAN P.; PITA, ROBESPIERRE; BARRETO, MAURICIO L.; et al. . PeerJ, v. 10, p. 17-pg., 2022-07-11. (18/14933-2, 19/27139-5)

LUBIANA, TIAGO; LOPES, RAFAEL; MEDEIROS, PEDRO; SILVA, JUAN CARLO; GONCALVES, ANDRE NICOLAU AQUIME; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I.. . PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 19, n. 8, p. 9-pg., 2023-08-01. (19/27139-5, 19/26284-1, 18/14933-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SILVA, Juan Carlo Santos e. Estratégias de modelagem e combinação de variáveis para o estudo da COVID-19 e suas comorbidades. 2024. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.