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Desenvolvimento e integração de ferramentas computacionais para a análise de transcriptoma de espécies de Piper

Processo: 20/03791-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de abril de 2020
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: NSF - Dimensions of Biodiversity e BIOTA
Pesquisador responsável:Eny Iochevet Segal Floh
Beneficiário:Amanda Rusiska Piovezani
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50316-7 - Dimensões US-BIOTA São Paulo: diversidade de interações multi-tróficas quimicamente mediadas em gradientes nos trópicos, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Transcriptoma   Interação planta-inseto   Piper   Análise estatística de dados   Banco de dados

Resumo

Piper é um gênero de distribuição Pantropical com importância econômica e ecológica dentro da família Piperaceae. Durante ontogenia de espécies de Piper foi observado grande variabilidade química, por exemplo, a variação de apiol e dilapiol entre plântulas e folhas de indivíduos adultos de Piper gaudichaudianum. Além disso, foi verificada a presença de neolignanas di-hidrobenzofurânicas e lignanas tetraidrofurânicas em folhas de indivíduos P. regnellii e P. solmsianum. Tais compostos em plântulas podem estar envolvidos em interações plantas-inseto-parasitoide, entretanto ainda há grande lacuna no entendimento da diversidade de interações tróficas mediadas quimicamente. Uma das propostas do projeto temático é a descrição dos fenômenos envolvidos na ontogenia através da análise química bem como do estudo do transcriptoma para algumas espécies de Piper. Assim, pretende caracterizar os genes e as vias metabólicas diferencialmente envolvidos no processo de ontogenia através de RNA-seq. Nesta técnica um imenso volume de dados são gerados e a prospecção dos transcritos requer ferramentas computacionais robustas, de alta performance e que preferencialmente sejam processadas em paralelo. A análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises são críticos para a interpretação apropriada. Será desenvolvido um banco de dados local para armazenar os resultados a serem utilizados em estudos posteriores. (AU)