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Identificação e uso de CNV para seleção genômica em ovinos da raça Santa Inês

Processo: 19/19213-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2020
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2022
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Gerson Barreto Mourão
Beneficiário:Giovanni Coelho Ladeira
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Melhoramento genético animal   Animais domésticos   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Ovinos   Cordeiros

Resumo

A incorporação de SNP com informações fenotípicas agrega acurácia na predição dos GEBVs. Entretanto, é possível que outros efeitos genéticos possam ser subestimados com essa abordagem. Mais recentemente, foram descritas variações no número de cópias (CNVs) responsáveis por variações genéticas e fenotípicas, essas também são associadas à diversidade e resistência a doenças. As regiões de CNV (CNVRs) foram identificadas próximas e sobrepostas aos genes e QTLs com relevância para características produtivas. Ainda assim, estudos abordando CNVs em ovinos são escassos. O objetivo deste estudo é identificar CNVs em ovinos e utilizar estas informações para avaliar o ganho de acurácia na predição do GEBV com informações de SNP enriquecidas com CNV. Serão utilizados um total de 387 machos genotipados da raça Santa Inês. A identificação de CNVs será realizada por meio do PennCNV. As CNVRs serão determinadas por sobreposição de CNVs identificadas em diferentes ovinos utilizando o pacote GenomicRanges do software Bioconductor. Em seguida, as regiões identificadas serão comparadas com regiões de QTLs. Adicionalmente, serão testados dois modelos; um modelo reduzido (GBLUP), que considera efeito de SNP, e um modelo completo que considera efeito de SNP e CNV juntos. (AU)