Predição genômica para características reprodutivas, de carcaça e eficiêcia alimentar em bovinos da raça Nelore utilizando informações biológicas e diferentes critérios na incorporação de regiões genômicas candidatas

• Processo: 19/06736-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de junho de 2020
• Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Beneficiário: João Barbosa da Silva Neto
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Eficiência alimentar Acurácia Carcaça Polimorfismo de um único nucleotídeo Melhoramento genético animal Gado Nelore Bos taurus indicus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Acurácia | Bos taurus indicus | carcaça | eficiência alimentar | Precocidade | SNPs-causativos | Avaliação e Seleção Genômica de Bovinos

Resumo

Este projeto de pesquisa tem como objetivo avaliar inclusão de SNPs inseridos em possíveis QTNs causativos para avaliação genômica de características reprodutivas, carcaça e eficiência utilizando o método ssGBLUP; empregar análises do tipo GWAS (genome-wide association studies) em uma população de bovinos da raça Nelore, utilizando fenótipos relativos à probabilidade de parto precoce (PP30), stayability (STAY), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e consumo alimentar residual (CAR); explorar as regiões genômicas identificadas pelas análises de GWAS empregando métodos de análise funcional para detectar as principais regiões genômicas candidatas que explicam a variância genética aditiva dos fenótipos estudados; inserir nas análises de predição SNPs presentes em possíveis regiões causativas dos fenótipos estudados, com base na literatura e determinar o impacto na acurácia das predições genômicas pela inclusão de SNPs inseridos em regiões genômicas causativas. O conjunto de dados utilizado neste estudo será composto por animais da raça Nelore de um programa de melhoramento genético, a Associação Nacional dos Criadores e Pesquisadores (ANCP, Ribeirão Preto, Brasil). O banco de dados engloba registros de 66.496 fêmeas e seus parentes, totalizando aproximadamente 176.000 registros fenotípicos para características reprodutivas, de carcaça e eficiência alimentar. Um total de aproximadamente 30 mil animais foram genotipados com o painel de baixa densidade. Para a imputação, será utilizada uma população de referência com 963 animais fundadores genotipados com o Illumina BovineHD BeadChip. Marcadores para as populações genotipadas e de referência foram excluídos para call rate (<90%), frequência do alelo menor (MAF<0,05%), conflitos mendelianos (> 1,0%) e para marcadores localizados em cromossomos não autossômicos. Dois métodos para avaliação genética: PBLUP e ssGBLUP, serão utilizados. Os componentes de covariância e parâmetros genéticos serão estimados considerando um modelo animal linear (características de carcaça e eficiência alimentar) e um modelo animal limiar (características reprodutivas). A matriz G será construída usando diferentes combinações de SNPs e ponderações. Será estimada a correlação de Pearson entre o EBV (obtido utilizando o conjunto de dados completo) com o DGV (estimado no subconjunto de validação, correspondente à capacidade preditiva da avaliação genética). Os resultados deste estudo fornecem uma oportunidade de estudar os efeitos da inserção de SNPs próximos ou dentro de regiões genômicas candidatas ou QTNs causativos na acurácia das avaliações genéticas, permitindo assim selecionar com maior acurácia os animais com maior mérito genético, resultando em aumento no progresso genético. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DA SILVA NETO, JOAO BARBOSA; PERIPOLI, ELISA; PEREIRA, ANGELICA S. C.; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; LOBO, RAYSILDO B.; FUKUMASU, HEIGDE; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; BALDI, FERNANDO. Weighted genomic prediction for growth and carcass-related traits in Nelore cattle. ANIMAL GENETICS, v. 54, n. 3, p. 13-pg., 2023-03-01. (19/06736-5)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SILVA NETO, João Barbosa da. Predição genômica ponderada por regiões genômicas candidatas para características de importância econômica em bovinos nelore. 2021. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal Jaboticabal.