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Predição genômica para características reprodutivas, de carcaça e eficiêcia alimentar em bovinos da raça Nelore utilizando informações biológicas e diferentes critérios na incorporação de regiões genômicas candidatas

Processo: 19/06736-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2020
Vigência (Término): 31 de março de 2021
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:João Barbosa da Silva Neto
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Assunto(s):Eficiência alimentar   Acurácia   Carcaça   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Melhoramento genético animal   Gado Nelore   Bos taurus indicus

Resumo

Este projeto de pesquisa tem como objetivo avaliar inclusão de SNPs inseridos em possíveis QTNs causativos para avaliação genômica de características reprodutivas, carcaça e eficiência utilizando o método ssGBLUP; empregar análises do tipo GWAS (genome-wide association studies) em uma população de bovinos da raça Nelore, utilizando fenótipos relativos à probabilidade de parto precoce (PP30), stayability (STAY), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS) e consumo alimentar residual (CAR); explorar as regiões genômicas identificadas pelas análises de GWAS empregando métodos de análise funcional para detectar as principais regiões genômicas candidatas que explicam a variância genética aditiva dos fenótipos estudados; inserir nas análises de predição SNPs presentes em possíveis regiões causativas dos fenótipos estudados, com base na literatura e determinar o impacto na acurácia das predições genômicas pela inclusão de SNPs inseridos em regiões genômicas causativas. O conjunto de dados utilizado neste estudo será composto por animais da raça Nelore de um programa de melhoramento genético, a Associação Nacional dos Criadores e Pesquisadores (ANCP, Ribeirão Preto, Brasil). O banco de dados engloba registros de 66.496 fêmeas e seus parentes, totalizando aproximadamente 176.000 registros fenotípicos para características reprodutivas, de carcaça e eficiência alimentar. Um total de aproximadamente 30 mil animais foram genotipados com o painel de baixa densidade. Para a imputação, será utilizada uma população de referência com 963 animais fundadores genotipados com o Illumina BovineHD BeadChip. Marcadores para as populações genotipadas e de referência foram excluídos para call rate (<90%), frequência do alelo menor (MAF<0,05%), conflitos mendelianos (> 1,0%) e para marcadores localizados em cromossomos não autossômicos. Dois métodos para avaliação genética: PBLUP e ssGBLUP, serão utilizados. Os componentes de covariância e parâmetros genéticos serão estimados considerando um modelo animal linear (características de carcaça e eficiência alimentar) e um modelo animal limiar (características reprodutivas). A matriz G será construída usando diferentes combinações de SNPs e ponderações. Será estimada a correlação de Pearson entre o EBV (obtido utilizando o conjunto de dados completo) com o DGV (estimado no subconjunto de validação, correspondente à capacidade preditiva da avaliação genética). Os resultados deste estudo fornecem uma oportunidade de estudar os efeitos da inserção de SNPs próximos ou dentro de regiões genômicas candidatas ou QTNs causativos na acurácia das avaliações genéticas, permitindo assim selecionar com maior acurácia os animais com maior mérito genético, resultando em aumento no progresso genético. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa: