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Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais

Processo: 20/10536-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de setembro de 2020
Vigência (Término): 31 de março de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gustavo Henrique Goldman
Beneficiário:Maria Augusta Crivelente Horta
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/07870-9 - A influência de proteínas quinases ativadas por mitógenos (MAPK) na expressão de determinantes genéticos importantes para a virulência de Aspergillus fumigatus, AP.TEM
Assunto(s):Análise de sequência de RNA   Biologia computacional   Genômica

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. De maneira a questionar o comportamento de diversos genes em condições ambientais e genéticas variadas, assim como entender suas relações com outros reguladores importantes, a integração, visualização e padronização destes dados se faz necessária. A. fumigatus apresenta um grande volume de dados de transcritômica, proteômica e genômica disponíveis tanto em bancos públicos como em nosso laboratório. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Outro aspecto a ser abordado será o estabelecimento de relações filogenéticas entre isolados clínicos e linhagens selvagens, de maneira a destacar os componentes genéticos importantes para origem de virulência nos isolados clínicos. Deste modo, o candidato a bolsa de TT-5 será responsável pelo estabelecimento de pipelines de análise de dados de transcritoma, proteoma e genoma utilizando linguagens como R e Python, bem como ferramentas de bioinformática aplicadas às áreas de estudo. A visualização e integração dos dados já gerados pelo laboratório será realizada utilizando o software Gaggle Genome Browser ou, alternativamente, o Jbrowse, que pode ser usado no navegador. A coleta e processamento de dados públicos de transcritoma de A. fumigatus e A. nidulans serão realizados utilizando dados já depositados no banco de dados Sequencing Read Archive (SRA) do NCBI. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FERREIRA FILHO, JAIRE A.; ROSOLEN, RAFAELA R.; ALMEIDA, DEBORAH A.; DE AZEVEDO, PAULO HENRIQUE C.; MOTTA, MARIA LORENZA L.; AONO, ALEXANDRE H.; DOS SANTOS, CLELTON A.; HORTA, MARIA AUGUSTA C.; DE SOUZA, ANETE P. Trends in biological data integration for the selection of enzymes and transcription factors related to cellulose and hemicellulose degradation in fungi. 3 BIOTECH, v. 11, n. 11 NOV 2021. Citações Web of Science: 0.

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