Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais

• Processo: 20/10536-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2020
• Vigência (Término): 31 de março de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Gustavo Henrique Goldman
• Beneficiário: Maria Augusta Crivelente Horta
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/07870-9 - A influência de proteínas quinases ativadas por mitógenos (MAPK) na expressão de determinantes genéticos importantes para a virulência de Aspergillus fumigatus, AP.TEM
• Assunto(s): Análise de sequência de RNA Biologia computacional Genômica Quinases
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bionformática | Genética de Fungos | Genômica | Quinases | reguladores | RNA-seq | Bioinformática

Resumo

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise do imenso volume de dados gerados. De maneira a questionar o comportamento de diversos genes em condições ambientais e genéticas variadas, assim como entender suas relações com outros reguladores importantes, a integração, visualização e padronização destes dados se faz necessária. A. fumigatus apresenta um grande volume de dados de transcritômica, proteômica e genômica disponíveis tanto em bancos públicos como em nosso laboratório. Adicionalmente, diversos scripts precisam ser constantemente desenvolvidos para formatação e tratamento de dados provenientes dos estudos na bancada. Outro aspecto a ser abordado será o estabelecimento de relações filogenéticas entre isolados clínicos e linhagens selvagens, de maneira a destacar os componentes genéticos importantes para origem de virulência nos isolados clínicos. Deste modo, o candidato a bolsa de TT-5 será responsável pelo estabelecimento de pipelines de análise de dados de transcritoma, proteoma e genoma utilizando linguagens como R e Python, bem como ferramentas de bioinformática aplicadas às áreas de estudo. A visualização e integração dos dados já gerados pelo laboratório será realizada utilizando o software Gaggle Genome Browser ou, alternativamente, o Jbrowse, que pode ser usado no navegador. A coleta e processamento de dados públicos de transcritoma de A. fumigatus e A. nidulans serão realizados utilizando dados já depositados no banco de dados Sequencing Read Archive (SRA) do NCBI. Os pontos críticos da bioinformática serão a análise estatística coerente dos dados e a eficiência dos algoritmos desenvolvidos para execução dessas análises.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ROSOLEN, RAFAELA ROSSI; HORTA, MARIA AUGUSTA CRIVELENTE; DE AZEVEDO, PAULO HENRIQUE CAMPITELI; DA SILVA, CARLA CRISTINA; SFORCA, DANILO AUGUSTO; GOLDMAN, GUSTAVO HENRIQUE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Whole-genome sequencing and comparative genomic analysis of potential biotechnological strains of Trichoderma harzianum, Trichoderma atroviride, and Trichoderma reesei. Molecular Genetics and Genomics, v. 298, n. 3, p. 20-pg., 2023-04-05. (15/09202-0, 18/19660-4, 20/13420-1, 20/10536-9)

FERREIRA FILHO, JAIRE A.; ROSOLEN, RAFAELA R.; ALMEIDA, DEBORAH A.; DE AZEVEDO, PAULO HENRIQUE C.; MOTTA, MARIA LORENZA L.; AONO, ALEXANDRE H.; DOS SANTOS, CLELTON A.; HORTA, MARIA AUGUSTA C.; DE SOUZA, ANETE P.. Trends in biological data integration for the selection of enzymes and transcription factors related to cellulose and hemicellulose degradation in fungi. 3 BIOTECH, v. 11, n. 11, NOV 2021. (15/09202-0, 19/03232-6, 20/13420-1, 18/19660-4, 20/10536-9)

HORTA, MARIA AUGUSTA C.; STEENWYK, JACOB L.; MEAD, MATTHEW E.; DOS SANTOS, LUCIANO H. BRAZ; ZHAO, SHU; GIBBONS, JOHN G.; MARCET-HOUBEN, MARINA; GABALDON, TONI; ROKAS, ANTONIS; GOLDMAN, GUSTAVO H.. Examination of Genome-Wide Ortholog Variation in Clinical and Environmental Isolates of the Fungal Pathogen Aspergillus fumigatus. MBIO, v. 13, n. 4, p. 16-pg., 2022-06-29. (20/10536-9, 16/07870-9)