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Análise computacional comparativa de antígenos leucocitários humanos e suínos (HLA/SLA) e suas implicações em xenotransplantes

Processo: 20/08726-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2020
Vigência (Término): 31 de agosto de 2022
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação
Pesquisador responsável:Jorge Elias Kalil Filho
Beneficiário:Deibs Barbosa
Instituição-sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Empresa:Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina (FM)
CNAE: Atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente
CNAE: Atividades de atenção à saúde humana não especificadas anteriormente
Vinculado ao auxílio:18/14275-5 - Produção nacional de suínos geneticamente modificados voltados para o xenotransplante de órgãos em humanos, AP.PITE
Assunto(s):Biologia computacional   Antígenos HLA   Suínos   Transplantes

Resumo

O Brasil possui um extenso sistema de realização de transplantes de órgãos sólidos, ocupando o segundo lugar em número absoluto de procedimentos. Contudo, háum aumento de demanda por transplantes. Nesse contexto, o xenotransplante (transplante realizado entre espécies distintas) surge como alternativa e entre os potenciais doadores animais estão os suínos (Sus scrofa). Objetivo: o projeto propõe analisar, por uma abordagem computacional, repertórios de alelos de antígenos leucocitários HLA/SLA, avaliando sua diversidade e esclarecendo as possíveis implicações no sucesso de xenotransplantes. Metódos: as reads provenientes do sequenciamento dos amplicons de genes de antígenos leucocitários serão pré processadas descartando as sequências de baixa qualidade. As reads selecionadas serão alinhadas ao genoma-referência humano ou suíno e a partir desse mapeamento serão identificados os diferentes haplótipos e comparados com genes depositados no banco de dados IPD-IMGT/HLA. Uma reconstrução filogenética será executada a partir do alinhamento múltiplo das sequências de DNA dos alelos de cada gene. As sequências de aminoácidos dos alelos pertencentes ao mesmo grupo serão utilizadas para buscar as regiões epitópicas comuns, incluindo os resíduos polimórficos. Resultados esperados: com a conclusão do projeto, espera-se um pipeline acurado e com alta reprodutibilidade para genotipagem de genes HLA/SLA por sequenciamento NGS, além de uma lista de alelos HLA/SLA com epítopos comuns. (AU)

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