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Predição genômica e GWAS baseados na variação no número de cópias (CNV) para características associadas a produção de leite de búfalos

Processo: 19/25642-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2020
Vigência (Término): 31 de julho de 2022
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Humberto Tonhati
Beneficiário:Alessandra Alves Silva
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Assunto(s):Marcadores genéticos   Búfalo Murrah   Produção de leite   Estudo de associação genômica ampla

Resumo

A variação do número de cópias (CNVs) constituem um tipo de variante estrutural que envolvem alterações no número de cópias de regiões específicas do DNA (inserção ou deleção). Comparado ao SNP, o CNV pode mostrar efeitos mais proeminentes na expressão e função dos genes. Atualmente, os painéis de SNP têm sido comumente utilizados para detecção de CNVs em humanos, o que também constitui uma opção interessante para animais de produção, uma vez que os painéis de SNP tem sido utilizados para análises de predição genômica e GWAS. Dada as vantagens das CNV, predizer valores genéticos genômicos (GEBV) e identificar genes associados para características de produção de leite de búfalas por meio destes marcadores poderia fornecer melhor compreensão da arquitetura genética para essas características. Assim, os objetivos com este projeto seriam detectar variação do número de cópias (CNV) na população de búfalos por meio de um painel de SNPs (90K); implementar e comparar abordagens de predição genômica e GWAS baseadas em marcadores CNV e SNP para as características de produção de leite de búfalas; e investigar os processos biológicos e funções para os genes mais importantes. Um total de 4.588 búfalos da raça Murrah, sendo 978 animais já genotipados com o painel de 90K por meio do desenvolvimento de projetos apoiados pela FAPESP serão utilizados. As CNVs compartilhadas entre diferentes búfalos serão obtidas por meio dos SNPs. A avaliação genética para múltiplas lactações será realizada por meio de um modelo de regressão aleatória multicaracterístico considerando a abordagem ssGBLUP, em que fenótipos, pedigree e genótipos serão combinados para gerar diretamente os GEBV por meio da matriz de parentesco H, que integra A e a matriz de parentesco genômico (G), a qual será construída por meio de marcadores SNPs ou CNVs. As abordagens serão comparadas via capacidade preditiva. As análises de GWAS também serão baseadas em ambos marcadores (SNP ou CNV) para as características de produção de leite, em cada lactação. As abordagens serão comparadas por meio de genes encontrados e descrição de processos biológicos através de redes gênicas. (AU)

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