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Estabelecimento de uma plataforma de classificação molecular para o Meduloblastoma por qPCR em tempo real

Processo: 21/01500-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
Vigência (Início): 01 de março de 2021
Vigência (Término): 30 de novembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Saúde Materno-infantil
Pesquisador responsável:Ricardo Bonfim Silva
Beneficiário:Ricardo Bonfim Silva
Empresa:Neogenys Diagnóstico Molecular Ltda
CNAE: Atividades de serviços de complementação diagnóstica e terapêutica
Vinculado ao auxílio:18/26437-0 - Estabelecimento de uma plataforma de classificação molecular para o meduloblastoma por qPCR em tempo real, AP.PIPE
Assunto(s):Técnicas de diagnóstico molecular   Oncologia   Câncer infantil   Meduloblastoma   Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)

Resumo

Meduloblastoma é o tumor maligno do sistema nervoso central mais frequente em crianças e de acordo a Organização Mundial de Saúde (OMS) é subdividido molecularmente em 4 subgrupos, WNT, SHH (TP53 mutante ou selvagem), o grupo 3 e o grupo 4. Estes subgrupos possuem características moleculares e associações clínicas distintas, e diferem no prognóstico dos pacientes impactando na estratificação de risco e do tipo de tratamento a ser utilizado. Por exemplo, o subgrupo WNT é o de melhor prognóstico comparado aos outros e possui uma sobrevida global de 95% em 5 anos e uma frequência de 1 a cada 3 pacientes. Estudos clínicos de fase II nos EUA visam o descalonamento da radioterapia e/ou quimioterapia em pacientes com Meduloblastoma WNT, reduzindo sequelas a longo prazo ocasionadas principalmente pela radiação. Este protocolo quando utilizado no Brasil, impactaria de modo positivo na qualidade de vida dos pacientes e também na redução do orçamento dos hospitais públicos. Quanto ao subgrupo SHH, um inibidor desta via, o Vismodegib, está sendo testado como um novo agente subgrupo-específico de tratamento. Hospitais que não utilizam a classificação molecular, estabelecem praticamente um mesmo protocolo de tratamento tóxico e inespecífico para todos os pacientes. Este fator destaca a grande importância da abordagem de classificação molecular para uma Medicina de Precisão que visa estabelecer o protocolo "ideal" para os diferentes subtipos de tumor. No Brasil e também na América Latina não há a comercialização de nenhum teste molecular para o Meduloblastoma, ou seja, seríamos a primeira empresa a implementar comercialmente esse teste molecular. Há alguns hospitais privados ou público/privados que utilizam o NanoString para classificar o Meduloblastoma, uma metodologia desenvolvida internacionalmente e de alto custo, e que necessita ainda de um conjunto mínimo de 6 amostras para processamento e análise, o que gera desvantagens técnicas, de custo e tempo de liberação do resultado. Além disso, estes hospitais não comercializam o exame, sendo apenas de uso interno e pesquisa, podendo até mesmo se tornar futuros clientes. Em vista do atual cenário, o objetivo deste projeto é estabelecer e validar uma plataforma de classificação molecular do Meduloblastoma por uma técnica precisa e de custo-benefício sustentável: o PCR em tempo real (RT-qPCR). O princípio básico é mensurar nível de expressão de um grupo reduzido de genes que será capaz de classificar molecularmente o Meduloblastoma utilizando amostras derivadas de tecido parafinado (FFPE). Estes genes serão selecionados através de análises de bioinformática utilizando bancos de dados públicos de transcriptoma de Meduloblastoma disponíveis on-line (número aproximado de 1000 casos). Utilizando essa riqueza de informação e a metodologia de árvore de decisão por inteligência artificial, será determinado um conjunto mínimo de genes de alta sensibilidade e especificidade para classificar o Meduloblastoma em 3 subgrupos moleculares, WNT, SHH e não WNT/SHH. Posteriormente, esse conjunto de genes será validado por RT-qPCR e as amostras determinadas SHH serão sequenciadas para o gene TP53 em amostras de tecido congelado e parafinado de Meduloblastoma em colaboração com o Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto-HCFMRP-USP. (AU)