Identificação de isoformas alternativas de proteínas de membrana como potenciais biomarcadores para tumores com mau prognóstico e poucas opções terapêuticas

• Processo: 20/14158-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de maio de 2021
• Situação: Interrompido
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Filipe Ferreira dos Santos
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 23/07144-0 - Panorama geral do transcriptoma das proteínas de membrana celular humana ao longo dos estágios de neurodesenvolvimento de modelos de organóides cerebrais, BE.EP.DR
• Assunto(s): Biologia computacional Isoformas de proteínas Proteínas da membrana Biomarcadores tumorais Prognóstico Neoplasias Terapia de alvo molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Aprendizagem de Maquina | Banco de dados | câncer | Proteinas de membrana | Splicing alternativo | terapia molecular alvo | Bioinformática

Resumo

O splicing é um passo essencial da expressão gênica em eucariotos. Muitos loci do genoma humano, após serem transcritos, são processados de maneira alternativa (splicing alternativo), gerando diferentes isoformas de mRNAs para um mesmo gene (locus). Sabe-se que alterações no padrão de splicing estão relacionadas ao desenvolvimento de aproximadamente 15% das doenças genéticas e, claro, a diversos tipos de tumores malignos em humanos. Células cancerígenas, de maneira geral, apresentam uma alta taxa de splicing alternativo, inclusive com isoformas específicas de tumores. Neste projeto, iremos buscar eventos de splicing alternativo em genes codificadores de proteínas de membrana celular que ocorrem de maneira específica ou preferencial em amostras tumorais. Para isso, utilizaremos dados de expressão gênica de um conjunto de ~11.000 amostras de 33 tipos de Cânceres e um amplo repertório de ferramentas computacionais (de bioinformática) para processar, integrar e analisar esses dados. Como selecionaremos somente aquelas isoformas específicas ou preferenciais de tumores e eventos em genes codificadores para proteínas de membrana celular, esperamos, no final deste projeto, ter um conjunto promissor de biomarcadores para o desenvolvimento deliberado de novas terapia-alvo para o tratamento do Câncer. Nas nossas análises, iremos dar uma atenção especial àqueles Cânceres que ainda não possuem boas opções de tratamento, tais como o Glioblastoma, o Glioma Difuso de Ponte Pediátrico e o Adenocarcinoma de Pâncreas, para o qual inclusive já temos resultados preliminares promissores. Todos os resultados aqui gerados serão organizados em um banco de dados de livre acesso e divulgados para a comunidade científica. Em conclusão, esperamos que nossos achados ajudem no desenvolvimento de novas terapia-alvo para o Câncer, sobretudo para aqueles tumores com alta taxa de mortalidade e que ainda não possuem boas drogas alvo ou tratamentos altamente eficazes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SOUZA, ANACLETO SILVA; DE FREITAS AMORIM, VITOR MARTINS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FILIPE F.; ULRICH, HENNING; GALANTE, PEDRO A. F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants of Concern: A Perspective for Emerging More Transmissible and Vaccine-Resistant Strains. Viruses-Basel, v. 14, n. 4, p. 21-pg., 2022-04-01. (18/07366-4, 20/06091-1, 19/00195-2, 16/09047-8, 20/14158-9, 20/04680-0, 17/18246-7, 17/19541-2, 18/15579-8)

DE SOUZA, ANACLETO SILVA; AMORIM, VITOR MARTINS DE FREITAS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FELIPE R. C.; DOS SANTOS, FILIPE F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; JUVENAL, GUILHERME DE ARAUJO; HUANG, YIHUA; GE, PINGJU; JIANG, YINAN; et al. Molecular Dynamics Analysis of Fast-Spreading Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants and Their Effects on the Interaction with Human Angiotensin-Converting Enzyme 2. ACS OMEGA, v. 7, n. 35, p. 10-pg., 2022-08-24. (20/06091-1, 17/18246-7, 17/19541-2, 20/04680-0, 19/00195-2, 16/09047-8, 18/15579-8, 18/07366-4, 20/14158-9)