Estudo genômico populacional e de associação genômica ampla com características de conformidade corporal e resistência a endoparasitas em ovinos Santa Inês

• Processo: 21/05245-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de junho de 2021
• Vigência (Término): 31 de maio de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Claudia Cristina Paro de Paz
• Beneficiário: Karine Assis Costa
• Instituição Sede: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Nova Odessa , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/14522-7 - Estudos genômicos associados às características de resistência a endoparasitas em ovinos Santa Inês, AP.TEM
• Assunto(s): Genética quantitativa Estudo de associação genômica ampla Variações do número de cópias de DNA Endogamia Polimorfismo de um único nucleotídeo Melhoramento genético Ovelha Santa Inês
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: CNVs | Gwas | Melhoramento genético | Roh | SNPs | Genética Quantitativa - Genômica Animal

Resumo

O rebanho ovino brasileiro cresce significativamente, no entanto o País ainda não é autossuficiente para atender a demanda de carne do mercado interno. Dentre os principais fatores que contribuem para isto destacam-se aqueles relacionados com o manejo adotado pela maioria dos produtores, que empregam o sistema extensivo com pouca ou nenhuma tecnologia e com a susceptibilidade dos ovinos a parasitas gastrointestinais prejudicando a qualidade dos produtos e a produtividade no setor. Assim, os objetivos do trabalho são: (1) realizar um estudo de associação genômica ampla (GWAS) utilizando marcadores SNPs para resistência a parasitas gastrointestinais; (2) identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA (CNVs) visando detectar genes candidatos relacionadas com as características estudadas; (3) calcular os níveis de endogamia da população e estimar seus efeitos (depressão endogâmica) sobre as características estudadas por meio de corridas de homozigosidade (ROH). Pretende-se avaliar 1000 ovinos Santa Inês oriundos de oito propriedades localizadas na região de Ribeirão Preto, Franca, São Carlos e Campinas no estado de São Paulo. Estes animais são os mesmos que participaram do auxílio pesquisa 12/15982-0 e 16/14522-7, dos auxílios de bolsa a apoio técnico TT3 - processo 13/04302-1, processo 14/04169-2 e processo 18/13050-0 em que foram realizadas as mensurações fenotípicas das seguintes características indicadoras de resistência à verminose: Coloração da Conjuntiva Ocular (CCO) contagem de ovos por grama de fezes (OPG), Proteína Plasmática (PP), Volume Globular (VG) e coprocultura (%GALÁXIA) que mede a porcentagem do endoparasita Haemonchus contortus. A genotipagem será realizada com o Ovine SNP50 Genotyping BeadChip (Illumina). Serão realizadas análises de enriquecimento funcional a partir das regiões identificadas por GWAS e as regiões de CNV, utilizando o software DAVID (v.6.7). Com esse projeto espera-se conhecer as estimativas de parâmetros genéticos relacionados as características de resistência à verminoses gastrointestinais para condução de programas de melhoramento genético incluindo essas características como objetivo de seleção; avaliar o ganho em acurácia de predição dos valores genéticos/genômicos utilizando informação de marcadores SNPs nos modelos de predição genômica em relação aos modelos tradicionais; avaliar a necessidade de controlar o nível de endogamia utilizando informação genômica; e caracterizar regiões genômicas associadas com essas características afim de identificar genes candidatos. (AU)