Caracterização virológica de isolados brasileiros de SARS-CoV-2 e estudo da variação de sequência e os padrões evolutivos da proteína Spike específicos para avaliar o potencial de escape da vacina por modificação do alvo ou epítopos

• Processo: 21/05661-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de julho de 2021
• Situação: Interrompido
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Luiz Mário Ramos Janini
• Beneficiário: Robert Andreata Santos
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 20/08943-5 - Investigação de elementos induzidos pela resposta vacinal nos indivíduos submetidos aos testes clínicos com a vacina ChAdOx1 nCOV-19, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 23/02345-7 - Avaliação de mutantes de escape do vírus SARS-CoV-2 gerados após incubação com anticorpos produzidos por diferentes protocolos de imunização, BE.EP.PD
• Assunto(s): Virologia Vetores virais SARS-CoV-2 COVID-19 Vacinas contra COVID-19 Vacina ChAdOx1 nCoV-19 Glicoproteína da espícula de Coronavirus Biobancos e biorrepositórios Transcriptoma Análise de sequência de RNA Resposta imune
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: ChAdOx1 nCOV-19 | Covid 19 | SARS-CoV-2 | testes clínicos | Vacinas | vetores virais | Virologia, Infectologia e Desenvolvimento de Vacinas

Resumo

Esta proposta de pesquisa consiste em um desdobramento do projeto internacional com amostras de indivíduos voluntários para o teste da vacina Oxford-UNIFESP ChAdOx1 nCoV-19. A proposta envolverá as 2.000 amostras de voluntários, e os períodos correspondentes, e será responsável por compor o Biobanco da instituição-sede para toda a comunidade acadêmica do Estado de São Paulo. Além disso, as amostras armazenadas no Biobanco serão usadas para realizar análises que não se sobrepõem às "Medidas de resultados primários e secundários", conforme descrito na documentação do ensaio clínico disponível em ClinicalTrials.gov (Institutos Nacionais de Saúde, ID NCT04400838). O projeto será coordenado pelo Prof. Luiz Mario Ramos Janini e incluirá uma equipe de pesquisadores principais em diferentes áreas, referentes aos objetivos específicos e histórico de pesquisa da FAPESP. Os objetivos deste projeto são: (1) armazenar e disponibilizar todas as amostras obtidas de voluntários antes e depois da vacinação no Biobanco da UNIFESP. Esse Biobanco foi construído de acordo com os procedimentos legais, com o objetivo de armazenar corretamente e disponibilizar amostras para toda a comunidade científica do Estado de São Paulo, nacional e internacional; (2) avaliar a capacidade de neutralização de soros de indivíduos vacinados contra isolados de SARS-CoV-2 circulantes específicos do Brasil e outros isolados específicos de coronavírus para avaliação da imunidade cruzada; (3) caracterizar isolados brasileiros de SARS-CoV-2 e estudar a variação de sequência e os padrões evolutivos da proteína "Spike" específicos para avaliar o potencial de escape da vacina por modificação do alvo ou epítopos; (4) gerar e analisar perfis de citocinas de soros de voluntários antes e após a vacinação para avaliar a resposta inflamatória e efeitos associados; (5) analisar e comparar os transcriptomas sanguíneos de voluntários, por RNA-seq, antes e após a vacinação. Essa análise será quantitativa e qualitativa para avaliar o impacto da vacina nos níveis diferenciais de expressão gênica e avaliara variação individual na resposta genética à vacina e (6) analisar o perfil de secretoma no sangue total dos voluntários, antes e após a vacinação, para avaliar o tipo de resposta imune predominante e possível "priming" por outro coronavírus. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ANDREATA-SANTOS, ROBERT; JANINI, LUIZ M. R.; DURAES-CARVALHO, RICARDO. From Alpha to Omicron SARS-CoV-2 variants: What their evolutionary signatures can tell us?. Journal of Medical Virology, JAN 2022. (21/03684-4, 19/01255-9, 21/05661-1, 20/08943-5)

RODRIGUES-JESUS, MONICA JOSIANE; FAVARO, MARIANNA TEIXEIRA DE PINHO; VENCESLAU-CARVALHO, ALEXIA ADRIANNE; DE CASTRO-AMARANTE, MARIA FERNANDA; ALMEIDA, BIANCA DA SILVA; SILVA, MARIANGELA DE OLIVEIRA; ANDREATA-SANTOS, ROBERT; BARBOSA, CECILIA GOMES; BRITO, SAMANTHA CARVALHO MAIA; FREITAS-JUNIOR, LUCIO H.; et al. Nano-multilamellar lipid vesicles promote the induction of SARS-CoV-2 immune responses by a protein-based vaccine formulation. Nanomedicine-Nanotechnology Biology and Medicine, v. 45, p. 11-pg., 2022-08-31. (20/10700-3, 20/08943-5, 16/23560-0, 20/05204-7, 21/05661-1)

ANDREATA-SANTOS, ROBERT; MACHADO, RAFAEL RAHAL GUARAGNA; DOS SANTOS ALVES, RUBENS PRINCE; SALES, NATIELY SILVA; SOARES, CAMILA PEREIRA; RODRIGUES, KARINE BITENCOURT; SILVA, MARIANGELA OLIVEIRA; FAVARO, MARIANNA TEIXEIRA DE PINHO; RODRIGUES-JESUS, MONICA JOSIANE; YAMAMOTO, MARCIO MASSAO; et al. Validation of Serological Methods for COVID-19 and Retrospective Screening of Health Employees and Visitors to the Sao Paulo University Hospital, Brazil. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 12, p. 8-pg., 2022-06-02. (20/08943-5, 16/20045-7, 21/05661-1, 14/50890-5, 16/23560-0, 15/02352-7, 20/06409-1, 17/24769-2, 16/14344-1, 18/23680-0, 20/10700-3, 18/07629-5, 18/07142-9)