Análises em larga escala para revelar a estrutura epigenômica em tripanossomas sujeitos a mudanças de estados metabólicos e durante o ciclo celular

• Processo: 21/12469-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Acordo de Cooperação: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
• Pesquisador responsável: Julia Pinheiro Chagas da Cunha
• Beneficiário: Camila Gachet de Castro
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14432-3 - Uma rede para uma biologia integrativa em doenças negligenciadas: conectando a epigenética, o metabolismo e a biologia celular em tripanossomatídeos patogênicos, AP.TEM
• Assunto(s): Bioquímica Epigênese genética Metabolismo DNA Trypanosoma cruzi Leishmania Micrococcus Ciclo celular Biologia computacional Sequenciamento de cromatina por imunoprecipitação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dna | epigenética | histona | metabolismo | Bioquimica, Epigenetica, Metabolismo

Resumo

Os parasitas estarão sujeitos a diferentes origens metabólicas, como estresse metabólico severo incubando-os em privação de nutrientes (tampão PBS) ou sob condições de estresse metabólico com fontes de carbono e energia para manutenção (PBS suplementado com glicose, prolina, histidina ou leucina). Paralelamente, parasitas em diferentes estágios do ciclo celular serão obtidos por separação de células ou após sincronização de HU. Para avaliar as mudanças em seu epigenoma, tiraremos vantagem de duas técnicas de alta resolução em todo o genoma que permitem a identificação da posição dos nucleossomos, bem como de sequências regulatórias putativas, possivelmente associadas a regiões transcritas altamente ativas. O posicionamento dos nucleossomos será acessado por MNase-seq, um procedimento em que sequências de DNA desprotegidas são clivadas pela nuclease de Micrococcus resultando em loci de alta ocupação de nucleossomos. As regiões de cromatina aberta serão acessadas pelas metodologias FAIRE-seq ou ATAC-seq. Essas duas abordagens serão complementares e será possível discriminar importantes regiões genômicas imparciais associadas a estados metabólicos ou ciclo celular. Para este fim, uma abordagem bioinformática intensa para integrar esses conjuntos de dados, bem como explorar anotações funcionais disponíveis em conjuntos de dados públicos também será seja implementado. Além disso, a comparação entre os dados de T.cruzi e Leishmania será um recurso valioso para melhor compreender as semelhanças e diferenças inerentes à sua biologia. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MENEZES, ANA PAULA; MURILLO, ANA MILENA; DE CASTRO, CAMILA GACHET; BELLINI, NATALIA KARLA; TOSI, LUIZ RICARDO ORSINI; THIEMANN, OTAVIO HENRIQUE; ELIAS, MARIA CAROLINA; SILBER, ARIEL MARIANO; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS. Navigating the boundaries between metabolism and epigenetics in trypanosomes. Trends in Parasitology, v. 39, n. 8, p. 14-pg., 2023-08-01. (21/12469-0, 18/14432-3, 18/15553-9, 21/03219-0, 19/21354-1, 20/00694-6)