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Perfil transcricional de HLA-E e variantes do MHC que influenciam seu perfil transcricional e padrões de edição do transcrito primário

Processo: 21/14213-2
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2022
Vigência (Término): 31 de agosto de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Erick da Cruz Castelli
Beneficiário:Isabelle Mira da Silva
Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Genética médica   Expressão gênica   Antígenos HLA-E   Polimorfismo genético   Sequenciamento de nova geração   Imunogenética   Análise de sequência de RNA
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:expressão gênica | Hla-E | isoformas | Ngs | Polimorfismo | RNA-seq | Imunogenética

Resumo

O complexo MHC, localizado no cromossomo 6, possui diversos genes que atuam na resposta imune inata e adaptativa. Dentre eles, o gene HLA-E codifica proteínas de superfície celular que atuam em processos inflamatórios e na imunorregulação das ações de células Natural Killer (NK) e T, por meio da interação com os receptores ativadores (CD94/NKG2C) e inibitórios (CD94/NKG2A). Embora o gene HLA-E seja pouco polimórfico do ponto de vista protéico, estudos recentes demonstram um polimorfismo mais acentuado em regiões regulatórias e em íntrons. Essa diversidade poderia influenciar o perfil transcricional de HLA-E quantitativamente (maior ou menor expressão de mRNA) e qualitativamente (produção de isoformas). Este projeto visa adaptar a metodologia do hla-mapper para corrigir alinhamentos de sequências de RNA-seq, permitindo genotipar adequadamente e avaliar o perfil transcricional de HLA-E sem os vieses causados por erros de alinhamento típicos de genes HLA. Em seguida, correlacionaremos os dados de expressão de HLA-E (quantidade e produção de isoformas) com as genotipagens de todo o MHC observadas em 460 amostras do dataset GEUVADIS. O projeto permitirá detectar quais variantes ao longo do MHC estão correlacionadas com expressão diferencial de HLA-E, e quais são os possíveis mecanismos subjacentes a cada associação. (AU)

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