Perfil transcricional de HLA-E e variantes do MHC que influenciam seu perfil transcricional e padrões de edição do transcrito primário

• Processo: 21/14213-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2022
• Vigência (Término): 31 de agosto de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Erick da Cruz Castelli
• Beneficiário: Isabelle Mira da Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Genética médica Expressão gênica Antígenos HLA-E Polimorfismo genético Sequenciamento de nova geração Imunogenética Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: expressão gênica | Hla-E | isoformas | Ngs | Polimorfismo | RNA-seq | Imunogenética

Resumo

O complexo MHC, localizado no cromossomo 6, possui diversos genes que atuam na resposta imune inata e adaptativa. Dentre eles, o gene HLA-E codifica proteínas de superfície celular que atuam em processos inflamatórios e na imunorregulação das ações de células Natural Killer (NK) e T, por meio da interação com os receptores ativadores (CD94/NKG2C) e inibitórios (CD94/NKG2A). Embora o gene HLA-E seja pouco polimórfico do ponto de vista protéico, estudos recentes demonstram um polimorfismo mais acentuado em regiões regulatórias e em íntrons. Essa diversidade poderia influenciar o perfil transcricional de HLA-E quantitativamente (maior ou menor expressão de mRNA) e qualitativamente (produção de isoformas). Este projeto visa adaptar a metodologia do hla-mapper para corrigir alinhamentos de sequências de RNA-seq, permitindo genotipar adequadamente e avaliar o perfil transcricional de HLA-E sem os vieses causados por erros de alinhamento típicos de genes HLA. Em seguida, correlacionaremos os dados de expressão de HLA-E (quantidade e produção de isoformas) com as genotipagens de todo o MHC observadas em 460 amostras do dataset GEUVADIS. O projeto permitirá detectar quais variantes ao longo do MHC estão correlacionadas com expressão diferencial de HLA-E, e quais são os possíveis mecanismos subjacentes a cada associação. (AU)