Estudo da arquitetura genética e predição genômica para características seminais e eficiência reprodutiva de fêmeas em bovinos nelore

• Processo: 21/14641-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2022
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: José Bento Sterman Ferraz
• Beneficiário: Felipe Eguti de Carvalho
• Supervisor: Luiz Fernando Brito
• Instituição Sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Purdue University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 19/25266-0 - Predição de valores genômicos para características dependentes do sexo em bovinos da raça Nelore, BP.DR
• Assunto(s): Arquitetura genética Predição de genes Andrologia veterinária Estudo de associação genômica ampla Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Andrological | Androloógico | dependente do sexo | Genomic prediction | Predição Genômica | sex-dependent | Genômica/Genomic

Resumo

Este estudo irá avaliar a inclusão de informações genômicas na predição de valores genéticos, com ou sem a inclusão de marcadores do cromossomo X, bem como explorar nosso conhecimento dos mecanismos que modulam a arquitetura genética de características andrológicas e da qualidade do sêmen em machos e precocidade em fêmeas em bovinos Nelore. O conjunto de dados consiste em informações de linhagem contendo 660.608 animais, com aproximadamente oito gerações equivalentes. Dados fenotípicos de novilhas, vacas e touros Nelore, variando de aproximadamente 10.000 a 100.000 em número, com idade entre 14 a 48 meses e nascidos entre 1998 e 2020. Informações sobre 7.303 animais genotipados para 44.135 SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) usando o SNP GeneSeek Chip Beadchips Chip bovino GGP-HDi. A escolha de modelos animais adequados para as análises será feita como parte do desenvolvimento deste estudo, e a análise será realizada com base no método BLUP genômico de etapa única. As análises GWAS serão realizadas utilizando a metodologia GWAS de etapa única considerando o mesmo modelo animal linear utilizado para estimar os componentes de variância e serão realizadas em dois cenários: primeiro, sem a inclusão de marcadores localizados no cromossomo X, e segundo, com o inclusão de marcadores no cromossomo X. Com base nas estimativas das médias dos componentes de (co) variância obtidas com o modelo que incluiu o cromossomo X + autossomos e o modelo que incluiu apenas autossomos, obteremos dois valores genéticos para os animais, calculados pelo método de etapa única proposto. e o desempenho preditivo será calculado usando o conjunto de dados que foi dividido em subconjuntos de treinamento e validação. Devemos obter informações confiáveis e criar ferramentas para melhorar o desempenho reprodutivo dos animais Nelore. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CARVALHO, FELIPE E.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; PEDROSA, VICTOR B.; MATOS, ELISANGELA C.; ELER, JOANIR P.; SILVA, MARCIO R.; GUIMARAES, JOSE D.; BUSSIMAN, FERNANDO O.; SILVA, BARBARA C. A.; CANCADO, FERNANDO A.; et al. Genetic parameters for various semen production and quality traits and indicators of male and female reproductive performance in Nellore cattle. BMC Genomics, v. 24, n. 1, p. 16-pg., 2023-03-27. (19/25266-0, 21/14641-4)