Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento minion para a análise do metagenoma viral

• Processo: 21/09446-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Svetoslav Nanev Slavov
• Beneficiário: Victória Simionatto Zucherato
• Instituição Sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Metagenômica Virologia Patógenos Tecnologia médica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bibliotecas de DNA | Illumina | Metagenômica viral | Minion | Sequenciamento de última geração | Virologia

Resumo

As tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (SNG) têm crescido aceleradamente nos últimos anos, permitindo, assim, a geração maciça de dados genômicos de forma simultânea, imparcial e rápida. Uma das principais aplicações do SNG é a metagenômica, que contribui para identificação de agentes patogênicos emergentes e assinaturas genômicas, transformando assim a medicina. Embora a principal plataforma mundial de obtenção de dados metagenômicos seja representada pela marca Illumina, este equipamento tem alto custo, exige recursos humanos capacitados e necessita de infraestrutura altamente sofisticada. Diante desse cenário, uma técnica que vem ganhando espaço no campo científico é a plataforma portátil MinION, que apresenta baixo custo, não necessita de infraestrutura aprimorada e, portanto, pode ser utilizada para estudos de campo em regiões remotas que na maioria dos casos são afetadas pelos surtos emergentes. No entanto, a plataforma MinION tem sido raramente aplicada para estudos metagenômicos devido à falta de adequada padronização tanto para o processo de obtenção de metagenoma, como os passos de pré-preparação de amostras, concentração viral e extração. Dessa maneira, o objetivo deste projeto é padronizar a tecnologia MinION com a finalidade de obter e analisar o metaviroma de doadores de sangue de três regiões brasileiras: Sudeste (São Paulo), Centro-Oeste (Distrito Federal) e a região amazônica (Amapá), previamente infectados com agentes virais como HBV, HIV e HCV. Os resultados deste estudo permitirão além de ter informação sobre a composição do viroma dos doadores brasileiros de alto risco, também irão possibilitar a aplicação da tecnologia MinION na área de metagenômica viral e vigilância epidemiológica molecular. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CAVALCANTE SOUZA, JULIANA VANESSA; SANTOS, HAZERRAL DE OLIVEIRA; LEITE, ANDERSON BRANDAO; GIOVANETTI, MARTA; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE CARVALHO, ENEAS; TODAO BERNARDINO, JARDELINA DE SOUZA; VIALA, VINCENT LOUIS; HADDAD, RODRIGO; CICCOZZI, MASSIMO; et al. Viral Metagenomics for the Identification of Emerging Infections in Clinical Samples with Inconclusive Dengue, Zika, and Chikungunya Viral Amplification. Viruses-Basel, v. 14, n. 9, p. 8-pg., 2022-09-01. (17/23205-8, 18/15826-5, 21/09446-8, 21/11944-6, 20/13194-1, 19/08528-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ZUCHERATO, Victória Simionatto. Aplicação da tecnologia portátil de sequenciamento MinION para análise do metagenoma viral. 2023. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.