Identificação de variações moleculares envolvidas na tumorigênese hipofisária baseada em sequenciamento exômico e transcriptoma

• Processo: 22/04883-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2022
• Data de Término da vigência: 09 de outubro de 2023
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Margaret de Castro
• Beneficiário: Junier Marrero Gutiérrez
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/03989-6 - Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica (NGS - Next-Generation Sequencing), AP.TEM
• Assunto(s): Endocrinologia Biologia computacional Transcriptoma Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala Neoplasias hipofisárias Craniofaringioma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Metiloma | next generation sequecing | Transcriptoma | Tumorigene hipofisaria | Endocrinologia

Resumo

Os estudos moleculares utilizando abordagens baseadas em genes candidatos e estudos deligação (linkage) em doenças familiares contribuíram, porém não esclareceram completamente, apatogênese molecular dos tumores hipofisários esporádicos. Os adenomas hipofisários estão entreas neoplasias intracranianas mais frequentes, exibindo hiperprodução hormonal ou efeitos compressivos em aproximadamente 1:1000 indivíduos. É interessante notar que, dados de nosso grupo e da literatura publicados até agora tiveram sucesso em afastar o envolvimento de genes ou de vias de sinalização candidatas nesse processo (Via Wnt, os protoncogenes MYC, BCL1, FGF4/HSTF1, SEA e HER2 e o gene de supressão tumoral TP53). Por outro lado, poucos achados positivos têm sido relatados: alterações genéticas ou epigenéticas já foram descritas em alguns subtipos tumorais, como a hipermetilação do gene humano RAS nos adenomas secretores de GH, prolactina e ACTH. A desregulação de genes envolvidos no ciclo celular, incluindo a hiperexpressão do gene PTTG foi demonstrada em tumores corticotróficos. Mutações no gene GNAS ocorrem em cerca de 30% dos tumores secretores de GH. Mutações no gene MEN1 são encontrados em tumores hipofisários de pacientes com NEM1 enquanto que mutações no gene CDKN1B (p27) ocorrem em pacientes com NEM4. Mutação germinativa inativadora do gene AIP são frequentes em pacientes com somatotrofinomas familiares, mas raras em tumores esporádicos. A expressão diferencial demiRNAs têm sido associados à tumorigênese hipofisária. Adicionalmente, o papel dos RNAs longos não-codificantes (lncRNAs), como o MEG3, na tumorigênese hipofisária tem sido apontado. Finalmente, estudo do nosso grupo aponta as proteínas ribossomais (RP) como possíveis candidatas nos tumores corticotróficos. Objetivos: Construir e analisar bibliotecas de exoma e transcriptoma de amostras de tumores hipofisários e avaliar potenciais fatores epigenéticos envolvidos. Material e Métodos: Serão utilizadas amostras de 130 tumores hipofisários produtores de ACTH; produtores de GH e não secretores, além de Craniofaringiomas. Serão extraídos o DNA e o RNA tumoral egenômico. Serão construídas bibliotecas de exoma-seq e RNA-seq, que serão submetidas à sequenciamento em plataforma Illumina. Os dados gerados serão analisados por meio de ferramentas computacionais e analisados de modo supervisionado visando a identificação de alterações em vias/genes envolvidos. Os achados de interesse serão validados por meio de predição de efeito funcional (in silico), sequenciamento direto automatizado (DNA-seq), PCR quantitativa em tempo real (qPCR; RNA-seq), análise integrada das variantes com o fenótipo clínico e tumoral, confirmação de efeito funcional (ex vivo, in vitro e in vivo). Perspectivas: a descoberta de novas variantes gênicas ou genes diferencialmente expressos nos tumores hipofisários e nos Craniofaringiomas por meio de sequenciamento em escala genômica poderá elucidar novos mecanismos envolvidos na tumorigênese hipofisária. A validação das alterações encontradas possibilitará a identificação de novos marcadores moleculares diagnósticos e de prognóstico e abrir caminho para o desenvolvimento de novos alvos terapêuticos. Objetivos: 1. Construir bibliotecas de exoma-seq, metil-seq, Chip-seq e RNA-seq a partir de DNA e de RNA provenientes de amostras de tumores hipofisários e de Craniofaringiomas; 2. Analisar, de modo supervisionado, os dados obtidos por meio de ferramentas computacionais; 3. Validar as alterações de interesse observadas por meio de estudos in silico, in vitro e in vivo; 4. Buscar por estratégias terapêuticas direcionadas às alterações validadas por meio de estudos in silico, in vitro e in vivo. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BUENO, ANA CAROLINA; MORE, CANDY BELLIDO; MARRERO-GUTIERREZ, JUNIER; SILVA, DANILLO C. DE ALMEIDA E.; LEAL, LETICIA FERRO; MONTALDI, ANA PAULA; RAMALHO, FERNANDO SILVA; NICOLIELLO VENCIO, RICARDO ZORZETTO; DE CASTRO, MARGARET; ANTONINI, SONIR ROBERTO R.. Vitamin D receptor activation is a feasible therapeutic target to impair adrenocortical tumorigenesis. Molecular and Cellular Endocrinology, v. 558, p. 14-pg., 2022-09-02. (21/04368-9, 15/19663-5, 17/17737-7, 22/04883-3, 14/03989-6, 19/00860-6)