Biodiversidade desaparecida na era genômica: contribuições do DNA histórico à sistemática de pererecas raras e extintas

• Processo: 22/02789-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2022
• Situação: Interrompido
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
• Pesquisador responsável: Taran Grant
• Beneficiário: Daniel Yudi Miyahara Nakamura
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/15425-0 - Uma abordagem multidisciplinar para o estudo da diversificação dos anfíbios: fase 2, AP.JP2
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/03494-9 - Avanços metodológicos em museômica e homologia dinâmica: Integrando a montagem de reads de DNA histórico e alinhamento por árvore, BE.EP.DD
• Assunto(s): Biodiversidade Genômica DNA antigo Extinção Herpetologia Filogenia Anfíbios
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: DNA antigo | DNA histórico | extinção | Herpetologia | Sistemática filogenética | museômica

Resumo

Anfíbios são o grupo de vertebrados mais ameaçados. Como consequência de seu declínio global, muitas espécies coletadas nos últimos séculos são hoje raras ou extintas. Embora muitos espécimes desaparecidos estejam preservados em museus, eles são usualmente ignorados em filogenias moleculares pela falta de tecidos frescos para sequenciamento. Devido ao acúmulo de danos post-mortem (altas taxas de fragmentação e contaminação, baixo conteúdo endógeno e modificações de bases tais como a desaminação da citosina), o DNA histórico de espécimes fixadas em formalina (hDNA) foi raramente sequenciado com sucesso por PCR e sequenciamento de Sanger. Recentemente, essas limitações têm sido superadas através de bibliotecas de DNA de cadeia única, tratamentos enzimáticos, laboratório limpo e sequenciamento de próxima geração (NGS) que gera milhões de reads curtas, as quais são subsequentemente montadas in silico. Neste projeto, usaremos NGS (Illumina HiSeq) para sequenciar hDNA de genomas nucleares e mitocondriais parciais de 60 espécies de anfíbios raros e extintos neotropicais, incluindo espécimes históricas de Centrolenidae, Dendrobatidae, Hylidae, Hylodidae e Phyllomedusidae. Nós selecionamos esses grupos devido (I) à facilidade maior em obter tecidos e (II) o potencial para elucidar problemas de identidade e de posição filogenética de espécies neotropicais nunca antes incluídas em filogenias moleculares, o que não poderia ser feito apenas com dados fenômicos. Pela primeira vez no Brasil, será gerada uma grande quantidade de dados moleculares de espécimes-tipo de anuros desaparecidos, sendo este um avanço inovador na sistemática de anfíbios. (AU)