Assinatura molecular relacionada a neutrófilos de baixa densidade em diferentes tipos de infecções

• Processo: 22/13073-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2022
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
• Pesquisador responsável: Reinaldo Salomão
• Beneficiário: João Victor Souza de Lima
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/21052-0 - Sepse: mecanismos, alvos terapêuticos e epidemiologia, AP.TEM
• Assunto(s): Infecção Sepse Infectologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: DEGs | Infecções | Ldn | Pbmc | sepse | Infectologia

Resumo

Os LDNs (do inglês, Low Density Neutrophils) e PMN-MDSCs (do inglês, Polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells) são termos que designam o mesmo tipo de células imunes as quais, por um lado parecem associar-se à redução da capacidade de apresentação de antígenos e inibição da ativação e proliferação dos linfócitos T, mas por outro lado aparentam ter funções aumentadas, como a produção das armadilhas extracelulares de neutrófilos (NETs - do inglês, Neutrophil Extracellular Traps) e a de geração de espécies reativas de oxigênio (ROS - do inglês, Reactive Oxygen Species). Para entender se há uma assinatura molecular associada à presença de LDNs nas amostras de PBMC de pacientes com infecção, compará-los com os achados em pacientes com sepse e estimar quais funções são desempenhadas por essas células, selecionamos manualmente das bases de dados Gene Expression Omnibus (GEO), European Genome-phenome Archive (EGA) e Proteomics Identification Database (PRIDE) os conjuntos de dados que atendiam aos seguintes critérios: i) PBMCs (do inglês, Peripheral Blood Mononuclear Cells) humano; ii) infecção e iii) presença de controles saudáveis. Os critérios de exclusão foram: i) PBMC coletados em animais e ii) baixo número de amostras (n<5) e controles saudáveis (n<3). Um total de 14 conjuntos foram selecionados para análise individual utilizando o software R (versão 4.0.2) e os pacotes limma, tydiverse e dplyr. Serão selecionados os DEGs (Differentially Expressed Genes) que atendam aos critérios: P-valor < 0,05 e Log2 Fold-Change <-1 e >1. Com as listas de DEGs obtidas, utilizaremos o pacote MetaVolcanoR para combinar todos em uma única lista.