Ampliação de diversidade biológica e redução de custos no sequenciamento genômico junto ao CEGH-CEL

• Processo: 22/14345-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2022
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Maria Rita dos Santos e Passos Bueno
• Beneficiário: Daiane Gil Franco
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/08028-1 - CEGH-CEL - Centro de Estudos do Genoma Humano e de Células-Tronco, AP.CEPID
• Assunto(s): Bibliotecas DNA Sequenciamento de nova geração Sequenciamento Análise de sequência de DNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bibliotecas | Dna | Next Generation Sequencing | sequenciamento | Sequenciamento genético

Resumo

O CEGH-CEL/CEPID tem como uma das metas da área de transferência de tecnologia a realização de serviços à comunidade e aos pesquisadores. Dentre estes, o que tem maior demanda é o sequenciamento genômico. A facility que foi criada em 2011 e hoje é um multiusuário FAPESP/USP é o que tem tornado viável a prestação destes serviços à comunidade. Atualmente, a facility de genômica no CEGH-CEL/USP conta com dois sequenciadores de larga escala (New Generation Sequence - NGS) da Illumina (NovaSeq6000 e MiSeq) e infra-estrutura adequada para armazenamento e processamento das amostras sequenciadas. Até o presente momento temos realizado preferencialmente análise de exomas completos de amostras de DNA humano. Dado os custos de sequencimento tanto para os pesquisadores do CEPID quanto aos usuários externos, temos limitações para sequenciar um grande número de amostras, muitas vezes necessários para os projetos de pesquisa. Assim sendo, essa proposta tem como principais objetivos: a) otimizar o sequenciamento misto de genoma e exoma afim de reduzir custos por amostra, mantendo a qualidade do sequenciamento; b) implementar sequenciamento de DNA/RNA de múltiplas espécies de vertebrados; c) ampliar os nossos serviços oferecidos quanto ao tipo de sequenciamento, incluindo procariontes. O alcance destes objetivos poderá atender um número maior de pesquisadores que trabalham com diferentes espécies e abordagens genômicas. Por fim, a proposta de redução de custo poderá beneficiar a todos os pesquisadores e terá um impacto também nos serviços de testes genéticos que o CEGH-CEPID presta à comunidade.