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Aplicação de metodologias de escore poligênico de risco em população miscigenada

Processo: 22/16317-2
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de maio de 2023
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Psiquiatria
Pesquisador responsável:Marcos Leite Santoro
Beneficiário:Rafaella Ormond Sampaio
Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):23/16709-0 - Predição de risco poligênico para esquizofrenia com dados genéticos e epigenéticos, BE.EP.DD
Assunto(s):Esquizofrenia   Ancestralidade   Miscigenação   Herança multifatorial   Estudo de associação genômica ampla
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:ancestralidade | Escore poligênico de risco | esquizofrenia | Miscigenação | Esquizofrenia

Resumo

A esquizofrenia é uma doença mental grave com prevalência de até 1% na população mundial e uma das principais causas de incapacidade em países desenvolvidos. É uma doença multifatorial e apresenta herdabilidade em torno de 0,8. Isso sugere que o genoma contém uma grande quantidade de informação que tem potencial de ser utilizado como marcadores genéticos de risco para a doença. Entretanto, a natureza poligênica dessa doença, somada à influência de fatores ambientais, dificulta a exploração dessa informação. Nos últimos anos, a expansão dos consórcios em genética psiquiátrica permitiu a criação de um escore poligênico de risco (PRS) para esquizofrenia, baseado em resultados de estudos genômicos em larga escala (GWAS). Com o crescimento de GWAS disponíveis, têm surgido novos métodos de construção de PRS, cada método tem vantagens e desvantagens com diferentes predições e custo computacional. Uma das limitações do PRS é que ele tem melhor predição e maior validade para a população de ancestralidade europeia, dificultando a aplicação em amostras miscigenadas, como a brasileira. Isso ocorre principalmente devido à escassez de GWAS com ancestralidades não europeias. O objetivo geral desta proposta é: Melhorar a predição do PRS de esquizofrenia em população miscigenada. Os objetivos específicos são: 1) Verificar o impacto da miscigenação no PRS gerado por 6 ferramentas já disponíveis na literatura; 2) Reformular uma metodologia de aplicação de PRS utilizando como base o método PC+T após a decomposição do PRS em três subpopulações (Europeia, Africana e Nativo Americana) para cada indivíduo; 3)Verificar qual das metodologias aplicadas obtiveram uma melhor predição do PRS em população miscigenada. Para a análise do PRS utilizaremos as coortes já genotipadas do grupo (N=3379) com o Global Screening Array. A análise será feita inteiramente por sistemas operacionais UNIX utilizando a linguagem da linha de comando bem como o programa estatístico R, o PLINK e o PRSice. A aluna irá calcular o PRS para os fenótipos de altura e esquizofrenia, utilizando 8 diferentes ferramentas de PRS, com o intuito de verificar a predição dessas ferramentas em população miscigenada Como principal achado, pretendemos demonstrar a viabilidade e uma solução eficaz para a utilização do PRS em população miscigenada. (AU)

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