Efeitos de cossolventes no enovelamento e função de riboswitches

• Processo: 23/02071-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de julho de 2023
• Vigência (Término): 30 de junho de 2024
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Leandro Martinez
• Beneficiário: Ander Francisco Pereira
• Supervisor: José Nelson Onuchic
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Rice University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 20/04549-0 - Efeitos de solvente na termodinâmica do enovelamento de proteínas, BP.DR
• Assunto(s): Riboswitch Expressão gênica Solventes Mecanismos moleculares
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cosolvents | Enhanced sampling Molecular Dynamics | Riboswitches | Biological physics

Resumo

Os riboswitches são moléculas de RNA que atuam como receptores de metabólitos específicos e controlam a expressão gênica. Quando um metabólito se liga ao domínio do aptâmero do riboswitch, alterações na sua estrutura secundária e terciária ocorrem. Os riboswitches, assim como as proteínas, são também modulados por vários fatores externos, incluindo os cossolventes. No entanto, os efeitos dos cossolventes na estabilidade do RNA e de proteínas podem variar devido às diferenças na sua composição. Neste projeto, temos como objetivo compreender os efeitos de diferentes solventes (água, aminoácido, N-óxido de trimetilamina (TMAO), e uréia) e Mg2+ no enovelamento e função de riboswitches. Alguns estudos experimentais anteriores já exploraram os efeitos destes cossolventes nos riboswitches, mas os mecanismos moleculares subjacentes ainda não são bem compreendidos. Neste projeto, utilizaremos simulações por dinâmica molecular de amostragem ampliada e ferramentas de análises apropriadas para descrever a termodinâmica e a cinética dos riboswitches em condições pouco usuais. (AU)