| Processo: | 22/11852-7 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de maio de 2023 |
| Situação: | Interrompido |
| Área de conhecimento: | Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
| Pesquisador responsável: | Henrique Nunes de Oliveira |
| Beneficiário: | Lúcio Flávio Macedo Mota |
| Instituição Sede: | Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 24/22461-4 - Integração de variáveis climáticas e sequenciamento do genoma para avaliar interações genótipo-ambiente através de normas de reação genômica para desempenho reprodutivo em novilhas Nelore, BE.EP.PD |
| Assunto(s): | Estudo de associação genômica ampla Interação gene-ambiente |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | análise de via biológica | análise de vias biológicas | Gwas | interação genótipo-ambiente | rede causal | Sequenciamento do genoma completo | Estatística genômica |
Resumo As práticas que resultam em melhores eficiências reprodutivas e de crescimento têm sido reconhecidas como um fator importante que afeta a sustentabilidade econômica dos rebanhos de bovinos de corte, reduzindo os custos de produção e os intervalos de geração. No entanto, nos sistemas de produção de bovinos de corte tropical, novilhas Nelore são criadas principalmente a pasto sob uma ampla gama de regiões topográficas e climáticas com variações sazonais na produção de forragem e níveis nutricionais levando à interação genótipo-ambiente (GxE). Nesse contexto, uma melhor compreensão da base genética para a adaptação animal pode auxiliar na elaboração de programas de melhoramento em condições adversas. Portanto, aplicação do sequenciamento do genoma completo em estudos de associação do genoma (GWAS) combinados a Modelos de Equações Estruturais (SEM) representa uma importante oportunidade para esclarecer o mecanismo principal e as ligações causais entre o crescimento e as características reprodutivas em condições ambientais (EC) adversas. Assim, este projeto de pesquisa visa incluir o sequenciamento do genoma completo para desvendar a sensibilidade genômica em novilhas Nelore criadas em diferentes EC e aplicar a rede Bayesiana para inferir as inter-relações entre o crescimento e as características reprodutivas em novilhas Nelore. Além disso, combinaremos o GWAS com a modelagem gráfica (SEM) para representar as inter-relações entre marcadores SNP e características na forma de equações e diagramas de caminho em EC adversas. Para tanto, serão utilizadas informações fenotípicas para características relacionadas à reprodução e ao crescimento de aproximadamente 550.000 novilhas Nelore pertencentes a programas de melhoramento comercial, amplamente distribuídas em diferentes regiões do Brasil. As características relacionadas às características de crescimento serão: peso corporal ao sobreano (BWY), ganho médio diário do desmame ao sobreano (ADGWY), e para o desempenho reprodutivo em novilhas serão: idade ao primeiro parto (AFC), prenhes precoce (HP), reconcepção novilhas (HR) e dias para o segundo parto (DSC). Dados genotípicos de 5.550 novilhas, 6.745 mães e 35.500 touros genotipados com BovineHD BeadChip (770k) serão imputados ao sequenciamento genômico total usando FImpute. A imputação será realizada utilizando a sequência de DNA de 152 touros com alta conectividade genética com a população genotipada com 770k. Um modelo de norma de reação em duas etapas será usado para avaliar a sensibilidade do animal às mudanças ambientais. Na primeira etapa, as condições ambientais serão definidas de acordo com a solução de grupo contemporâneo (CG) para as características BWY e ADGWY e então condensadas usando análise de componente principal (PC) em um descritor EC comum. Finalmente, este descritor de EC será padronizado para um valor médio de 0 e um desvio padrão (dp) de 1. Na segunda etapa, um modelo de norma de reação será usado para estimar a sensibilidade dos animais a variação dos ECs para características de crescimento e reprodução. Assim, os valores genéticos-genômicos (GEBV) serão estimados para três EC denominados Baixo (-3,0 sd), Médio (0,0 sd) e Alto (3,0 sd). As estimativas do GEBV em três níveis diferentes de EC serão usadas para detectar as redes causais entre as características e os níveis de EC usando uma abordagem de rede Bayesiana. Essas redes para características relacionadas ao crescimento e reprodução em três níveis de EC serão utilizadas com informações prévias para a realização do SEM-GWAS utilizando informações do genoma completo. Os conhecimentos adquiridos com a presente pesquisa fornecerão novos aspectos sobre a base genética da adaptação animal, levando a uma melhor compreensão dos processos e relações que afetam a adaptabilidade animal para características de importância econômica. | |
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