SNPs funcionais candidatos associados ao perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do lombo de suínos

• Processo: 23/07931-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2023
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2024
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Aline Silva Mello Cesar
• Beneficiário: Mariah Castro Durval
• Supervisor: Luiz Fernando Brito
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Purdue University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 22/08142-8 - SNPs funcionais candidatos associados ao perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do lombo de suínos, BP.MS
• Assunto(s): Qualidade da carne Lipídeos Análise de sequência de RNA Carne suína Biologia molecular Melhoramento genético animal
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genetic improvement | lipids | meat quality | RNA-seq | Biologia molecular aplicada a melhoramento genético

Resumo

A carne suína é uma das proteínas animais mais consumidas em todo o mundo. Devido à sua importância econômica e nutricional, os suínos (Sus scrofa) também são usados como modelo animal em pesquisas humanas. A carne suína possui um alto valor nutricional e é uma fonte importante de ácidos graxos insaturados para consumo humano. Nesse contexto, os principais objetivos deste projeto são identificar candidatos a polimorfismos de nucleotídeo único funcional (SNP) e loci de traços quantitativos de expressão (eQTL) associados a características relacionadas ao perfil de ácidos graxos monoinsaturados, poli-insaturados e ômega-3, com base em dados de genotipagem em larga escala e transcriptoma muscular de suínos machos da raça Large White imunocastrados alimentados com uma dieta de diferentes perfis de ácidos graxos. Para isso, informações de genotipagem (chip de SNP - Porcine GGP 50k) e sequenciamento de mRNA (RNA sequencing; RNA-Seq) de 72 machos da raça Large White, imunocastrados e homozigotos negativos para halotano (NN), foram abatidos com peso médio de 130 kg. Os animais foram alimentados com quatro dietas: basal com 1,5% de óleo de soja degomado; basal com 3% de óleo de soja; basal com 3% de óleo de canola; e basal com 3% de óleo de peixe (sardinhas da boca do mangue; Cetengraulis edentulus). Amostras de fígado e lombo (Longissimus lumborum, LL) dos animais foram coletadas no momento do abate para análises posteriores de genotipagem e expressão gênica. Espera-se que este estudo permita a identificação de polimorfismos potencialmente funcionais associados a fenótipos de interesse econômico e de saúde do consumidor. A partir dos dados de RNA-Seq, uma análise de chamada de SNP foi realizada e as informações obtidas foram combinadas com os dados de genotipagem. Os conjuntos de dados genômicos serão utilizados para realizar análises de associação com os dados totais de expressão gênica, e os eQTL serão identificados usando o pacote Matrix eQTL do programa R. Posteriormente, os dados do perfil de ácidos graxos serão associados aos eQTL e, em seguida, será realizada a análise da rede de coexpressão. Além disso, enquanto estiver na Universidade de Purdue, o estudante participará de cursos de pós-graduação, clubes de revistas, reuniões de laboratório e participará da conferência International Plant and Animal Genome (PAG), que será realizada em San Diego, Califórnia (EUA), em janeiro de 2024. (AU)