Análise de transcriptomas da pele de anuros do grupo de Thoropa miliaris (Cycloramphidae)

• Processo: 23/07119-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 21 de setembro de 2023
• Vigência (Término): 20 de março de 2024
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Zoologia
• Pesquisador responsável: Célio Fernando Baptista Haddad
• Beneficiário: Ariadne Fares Sabbag
• Supervisor: José Fernando Melo Ferreira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Rio Claro. Rio Claro , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Universidade do Porto (UP), Portugal
• Vinculado à bolsa: 21/12455-9 - Investigações sobre formas de isolamento reprodutivo interespecífico no grupo de Thoropa miliaris (Amphibia: Anura: Cycloramphidae), BP.PD
• Assunto(s): Biologia computacional Mata Atlântica Transcriptômica Rã
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: almofada nupcial | bioinformática | Mata Atlântica | rã-das-pedras | transcrito | Transcriptômica

Resumo

As espécies de anfíbios anuros do grupo de Thoropa miliaris (T. megatympanum, T. miliaris, T. saxatilis e T. taophora; família Cycloramphidae) vivem na Mata Atlântica e campo rupestre, em ambientes rochosos como cachoeiras, costões rochosos, riachos de vazão baixa e afloramentos rochosos úmidos. O grupo de T. miliaris é monofilético e apresenta diversas linhagens, muitas delas aparentemente sem fluxo gênico, mesmo quando são co-ocorrentes. Porém, ainda não sabemos como essas linhagens se reconhecem e como elas se mantêm geneticamente isoladas mesmo vivendo em um mesmo local. Um dos objetivos do projeto em andamento (FAPESP processo número 2021/12455-9) é procurar por uma forma de isolamento comportamental pré-acasalamento, como uma seleção sexual através de semioquímicos. E uma das formas de procurar por semioquímicos é através do sequenciamento de transcritos da pele desses animais. Através desse sequenciamento, buscamos especificamente por genes que codificam peptídios que sejam responsáveis pela comunicação entre machos e fêmeas da mesma espécie, ou indivíduos de espécies diferentes. Para isso, sequenciaremos os transcriptomas das regiões das almofadas nupciais de machos e fêmeas de T. taophora e de T. miliaris, preparando as bibliotecas e sequenciando o RNA em uma plataforma Illumina. A partir dos dados brutos, faremos o controle de qualidade, o processamento e montagem dos transcriptomas, o mapeamento das leituras e estimativas de abundância dos transcritos, a análise de expressão diferencial e a tradução das sequências. Para buscar pelos genes de interesse, faremos a anotação do transcriptoma e a análise dos termos da ortologia gênica. Com esses dados, vamos comparar machos com fêmeas de T. taophora, e machos de T. taophora com machos de T. miliaris. Por fim, elaboraremos um gerenciador de fluxo de trabalho, para facilitar a reprodução e divulgação dos métodos e resultados. (AU)