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Exosítios de proteínas, sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural

Processo: 24/00876-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de maio de 2024
Situação:Interrompido
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Paula Rahal
Beneficiário:Carolina Gismene
Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:20/08615-8 - Exosítios de proteínas, sítios crípticos e moonlighting: identificação, mapeamento funcional e efeitos de alteração estrutural, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):25/02869-1 - Determinação estrutural da interação entre a NS1 do vírus da dengue e a protrombina/trombina humana: mapeamento de exosítios críticos na modulação da coagulação sanguínea durante a infecção, BE.EP.PD
Assunto(s):Biologia celular e molecular
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Cryptic sites | Extended secondary binding site | Moonlighting | Multiple functions | protein-protein interactions | Structural and functional biology | Biologia Molecular e Celular

Resumo

O interior dos organismos constitui ambientes complexos e dinâmicos, com poucasemelhança com os experimentos realizados com proteínas isoladas. Dados sobre as possíveisinterações nas quais proteínas específicas podem participar, dentro desses ambientesfisiológicos repletos de biomoléculas, são fundamentais para entender os múltiplos papéis quemuitas vezes são desempenhados pelas proteínas. Dados estruturais de alta resolução foramfundamentais para caracterizar e definir os parâmetros estereoquímicos que promovem edefinem a ligação de peptídeos, inibidores de proteínas e substratos aos locais ativos dasenzimas, a ponto de agora termos uma compreensão muito abrangente de interaçõesespecíficas e catalíticas, mecanismos que facilitam o projeto e o desenvolvimento deinibidores sintéticos e drogas altamente seletivas. Em um nível mais sutil, as superfícies dasproteínas geralmente contém os locais de ligação secundários (exosítios), que desempenhampapéis-chave na regulação e modulação de diversas atividades, que vão desde a expressãogênica, estabilização conformacional, transporte, inibição e, por extensão, modulação eexibição de funções distintas ou multitarefas da mesma enzima em resposta a mudanças quenas condições físico-químicas são pouco compreendidas. Esta proposta combina técnicas dealto rendimento / alta resolução, como exibição de fagos, metabolômica, biologia estrutural,biologia computacional, juntamente com métodos computacionais baseados em fragmentospara mapear, selecionar e avaliar superfícies de proteínas e sítios de ligação criptográficos queinteragem especificamente com peptídeos e proteínas e identificar as interaçõesproteína-proteína dinâmicas subjacentes que ocorrem sob diferentes condições fisiológicas. Onúcleo desta proposta está centrado em proteínas de relevância biológica, que estão sendoestudadas atualmente em nosso grupo de pesquisa, para entender suas interações compeptídeos e com outras proteínas para discernir seus possíveis papéis múltiplos. A equipeenvolvida nesta proposta é formada por pesquisadores que já estabelecem colaborações poranos, as quais renderam diversos artigos científicos e patentes.

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Publicações científicas (5)
(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)
LIMA, MARIA LETICIA DUARTE; SANCHES, PAULO RICARDO DA SILVA; GERALDINI, DAYLA BOTT; AYUSSO, GABRIELA MIRANDA; DA CONCEICAO, PAMELA JOYCE PREVIDELLI; CARVALHO, TAMARA; GONZALEZ, JORGE ENRIQUE HERNANDEZ; GISMENE, CAROLINA; BITTAR, CINTIA; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY; et al. A new synthetic peptide GA-KKALKKLKKALKKAL-CONH2 exhibits antiviral activity against ZIKV in multiple stages of the replicative cycle. VIROLOGY, v. 611, p. 12-pg., . (22/03901-8, 23/02956-6, 23/04491-0, 24/00876-8, 19/07784-3, 24/13327-2, 20/05761-3, 22/05411-8, 20/08615-8)
GISMENE, CAROLINA; DE MORAES, FABIO ROGERIO; BAUERMEISTER, ANELIZE; SANTANA DA COSTA, THYERRE; CALMON, MARILIA DE FREITAS; CERBINO, LUIS EDUARDO DE ALMEIDA PASSOS; RAHAL, PAULA; MAIRA GOES, REJANE; DE MORAES, LUIZ ALBERTO BERALDO; TASIC, LJUBICA; et al. Metabolic Effects of Cellular Necrosis Caused by Exfoliative Toxin C (ExhC) from Mammaliicoccus sciuri. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 24, n. 7, p. 11-pg., . (22/10941-6, 20/13921-0, 22/11152-5, 19/10230-0, 23/02338-0, 23/05226-9, 20/08615-8, 24/03185-6, 24/00876-8)
GERALDINI, DAYLA BOTT; BITTAR, CINTIA; POSSEBON, FABIO SOSSAI; GISMENE, CAROLINA; MARIUTTI, RICARDO BARROS; DA COSTA, VIVALDO GOMES; CAMPOS, GUILHERME RODRIGUES FERNANDES; BELTRAO, RAFAEL CESARIO; NETO, GUILHERME GUERRA; LOFEGO, ANTONIO CARLOS; et al. Identification of a putative new virus from the Jingmenvirus group in ticks from wild animals in Brazil. VIRUS EVOLUTION, v. 11, n. 1, p. 15-pg., . (22/10941-6, 23/10809-3, 23/04491-0, 20/13921-0, 23/01598-9, 21/00603-3, 22/03645-1, 20/08615-8, 24/00876-8)
GISMENE, CAROLINA; BACHEGA, JOSE FERNANDO RUGGIERO; DOHERTY, DANIEL Z.; VEIGA, SILVIO SANCHES; ARNI, RAGHUVIR K.; GONZALEZ, JORGE ENRIQUE HERNANDEZ. Structural and Energetic Evidence Supports the Non-Covalent Phosphate Cyclization by the Class II Phospholipase D from Loxosceles intermedia. TOXINS, v. 17, n. 3, p. 17-pg., . (24/01956-5, 20/08615-8, 24/13327-2, 24/16184-8, 24/00876-8)
GISMENE, CAROLINA; VIDOTTO, VINICIUS MOREIRA; SANTOS, FABIANA DE ALMEIDA ARAUJO; COSTA, MARIANA ARAUJO; SOARES, IARA PEREIRA; OMAGE, FOLORUNSHO BRIGHT; PASCUTTI, PEDRO GERALDO; NESHICH, GORAN; RAHAL, PAULA; ARNI, RAGHUVIR KRISHNASWAMY; et al. Phage display-derived peptides as molecular probes for predicting Staphylococcal Exfoliative Toxin-Desmoglein 1 interactions. International Journal of Biological Macromolecules, v. 321, p. 17-pg., . (23/02691-2, 24/01956-5, 24/13327-2, 20/08615-8, 24/00876-8)