Estabelecimento de abordagens inovadoras da investigação de interação proteína-proteína, proteína-RNA e DNA e RNA-RNA para o desenvolvimento ágil dos WP2 e WP3

• Processo: 24/07882-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2024
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Pesquisador responsável: Angela Kaysel Cruz
• Beneficiário: Gustavo Daniel Campagnaro
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 23/03015-0 - Da epigenética, variabilidade genômica e regulação da expressão gênica em Leishmania, AP.TEM
• Assunto(s): Leishmania
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: interação proteína-DNA | interação proteína-RNA | Interação RNA-DNA | Interação RNA-RNA | leishmania | Protozoologia Parasitária Humana

Resumo

O trabalho a ser desenvolvido por um jovem pesquisador com experiência pós-doutoral prévia tem como meta estabelecer abordagens no estado-da-arte em genética molecular particularmente voltadas para identificação de interações de proteínas com outras proteínas, com RNAs ou DNA. Seguindo-se ao estabelecimento dessas abordagens, elas serão empregadas nos estudos conduzidos no WP2 e WP3. No estudo dos lncRNAs, utilizaremos abordagens alternativas de aproximação que permitem identificar interações estáveis ou efêmeras complementando investigação dessas interações por abordagens in vitro. Assim, pretendemos, no caso dos ncRNAs, associar à estratégia de pulldown in vitro (aptâmeros S1m como 'tags' dos ncRNAs que permitem uma varredura in vitro de proteínas ligantes dos ncRNAs) outras abordagens nas quais tags estruturais que estabilizam o RNA e permitem avaliação da interação in vivo. Avaliaremos tRNA scaffold e boxB stem-loop que são de domínio dos grupos de Pegine Walrad/Michael Plevin e de Shulamit Michaeli, e de quem teremos suporte para estabelecê-las no laboratório. Além disso, devemos estabelecer o Sistema TurboID, pois permite capturar ligações mais efêmeras, como se espera seja o caso das ribonucleases que podem mediar a clivagem de lncRNAs potencialmente derivados de 3'UTR, e neste caso contamos com o suporte de Barbara Papadopoulou, que tem o sistema já estabelecido em Leishmania. Essas mesmas abordagens serão empregadas no WP3 para identificar de maneira mais robusta as interações entre PRMTs (Proteinas Arginina Metiltransferases) e suas RBPs-alvo (Proteínas ligantes de RNA). Por fim, a identificação dos R-loops em L. braziliensis e do envolvimento de ncRNAs nessas estruturas pode, a depender das primeiras análises, incluir outra abordagem no 'estado-da-arte', DRIP-seq (DRIP-sequencing), tecnologia que revela o perfil do genoma dos híbridos DNA-RNA e que utiliza o anticorpo S9.6, que reconhece a estrutura para capturar R-loops.