Efeitos de diferentes protocolos de desmama sobre o perfil de expressão gênica diferencial do músculo esquelético de bovinos Nelore em terminação semi-intensiva

• Processo: 24/11117-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2024
• Situação: Interrompido
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Guilherme Luis Pereira
• Beneficiário: Nicole da Silva Tucci
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/21522-0 - Caracterização da abundância de perfis metabólicos na gordura intramuscular esquelética relacionada a mudanças na dieta em bezerros Nelore desmamados precocemente., BE.EP.IC
• Assunto(s): Manejo nutricional Análise de sequência de RNA Transcriptoma Genômica funcional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: longissimus thoracis | manejo nutricional | RNA-seq | Transcriptoma | Genomica Funcional

Resumo

Um dos maiores produtores e exportador de carne bovina, o Brasil tem o maior rebanho comercial de bovinos de corte do mundo. Sobretudo, seu rebanho é formado por animais da raça Nelore que embora, bem adaptados a condições de clima tropical tem que disputar o mercado internacional com taurinos em certos nichos, além da atividade enfrentar desafios econômicos relativos a custos da terra e competição com a atividade agrícola. Nesse sentido, com vista ao aumento da eficiência produtiva, diversos manejos nutricionais têm se disseminado entre pecuaristas, como suplementação em período de seca e terminação em sistemas intensivos. Além disso, manejos nutricionais mais especializados, que visam melhorar os indicadores reprodutivos do rebanho, também tem sido adotado em algumas fazendas, sobretudo a suplementação de bezerros com intuito de diminuir as exigências energéticas sobre as vacas, as quais podem retomar uma boa condição corporal levando-as a novos ciclos estrais e prenhez. Um exemplo é a desmama precoce, que visa separar o bezerro da vaca normalmente em período inferior a 150 dias de idade, o que possibilita melhorias de índices relacionados à taxa de prenhez, intervalo entre-partos sobretudo em primíparas. Contudo, ao se desmamar bezerros tão novos é preciso garantir uma dieta adequada a suas exigências nutricionais para que não ocorram perdas relacionadas ao seu crescimento. Mas, alguns estudos têm mostrado que a depender do tipo de suplementação bem como a quantidade administrada nesse período, pode haver modulações importantes no metabolismo energético de bezerros que pode refletir em maior velocidade de crescimento e acabamento de carcaça, bem como com melhores resultados relacionados a qualidade de carne. Em virtude disso, o objetivo deste trabalho é buscar genes com expressão diferencial no tecido muscular entre grupos de bovinos Nelore em fase de terminação que foram submetidos a protocolos de desmame convencional e precoce. Para isso, amostras do músculo Longissimus thoracis de 40 bovinos filhos de vacas contemporâneas foram obtidas por biópsia 48 horas antes do abate, destas oito alíquotas de músculo foram selecionadas aleatoriamente de cada grupo, desmama precoce e desmama convencional. A partir dessas, foi extraído o RNA total e construídas bibliotecas genômicas de mRNA utilizando o kit Illumina Stranded mRNA Prep, as quais foram sequenciadas por NextSeq 550 da Illumina.. Visando obtenção dos dados do transcriptoma, serão utilizados os programas FastQC v.26, MultiQC v.1.13, STAR v.2.7.20 e featureconunts v.2.0.3, para avaliação da qualidade das leituras brutas, o mapeamento das sequências do genoma de referência (Bos taurus - ARS-UCD1.2) e obtenção da matriz de contagem, respectivamente. Para a identificação de genes diferencialmente expressos (DEGs) será utilizado o pacote edgeR do programa R. O enriquecimento funcional de vias metabólicas e processos biológicos será executado por meio de análise de super-representação utilizando pacotes do programa R (clusterProfiler, enrichR e enrichPlot). A partir dos resultados obtidos deste projeto espera-se entender melhor como a desmama precoce suplementada pode afetar os níveis de expressão gênica do músculo esquelético, bem como a modulação de vias metabólicas ao longo da vida do animal. Levando em conta a raça Nelore, estes resultados serão inéditos na literatura internacional. Além disso, os resultados obtidos poderão ser associados a dados de metaboloma em parceria que está sendo firmada entre FMVZ-Unesp e Purdue University, potencializando os resultados aqui obtidos e gerando oportunidade de experiência internacional para a discente.