Bioinformática integrativa em espécies silvestres de Coffea: uso de dados de genômica e transcriptomica para pangenoma

• Processo: 24/14461-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2024
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Acordo de Cooperação: ANR
• Pesquisador responsável: Douglas Silva Domingues
• Beneficiário: Daisy Sotero Chacon
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 23/03353-3 - Preenchendo lacunas entre recursos biológicos no gênero Coffea e os novos desafios do melhoramento frente às mudanças globais: BRIDGES-COFFEA, AP.R
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica Genomas Transcriptômica Transcriptoma Coffea
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Coffea | Genome | Pangenome | transcriptome | Análises de bioinformática

Resumo

O projeto FAPESP-ANR aqui proposto tem como um dos objetivos obter, por meio de uma abordagem integrativa, conjuntos de genomas e transcriptomas de alta qualidade de espécies silvestres de Coffea, representando a diversidade do gênero e valorizando os recursos biológicos de uma das culturas mais importantes na agricultura brasileira. O trabalho a ser desenvolvido pelo bolsista consistirá em ser um ponto focal para as análises computacionais vinculadas à geração de dados de ressequenciamento e transcriptoma a serem gerados pelo grupo brasileiro na iniciativa bilateral. O bolsista a ser selecionado terá acesso a clusters computacionais dos parceiros, bem como a programas adquiridos pelo grupo brasileiro, para auxiliar na montagem, análise de diversidade e geração de modelos de genes para as espécies estudadas no projeto. Além disso, o projeto inclui a realização de análises de expressão diferencial de genes em diferentes estágios de desenvolvimento das espécies silvestres de Coffea utilizando dados de RNA-seq; o uso desses dados para auxiliar na predição de genes e na anotação dos genomas dessas espécies; a anotação de genes relacionados às vias metabólicas de interesse, em especial compostos especializados; e a realização de análises de pangenoma para comparar os genomas das espécies silvestres de Coffea com outras espécies do gênero e identificar genes específicos de cada grupo.