Mapeamento fino da resposta de feijão comum ao nematóides das galhas

• Processo: 24/13064-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 18 de novembro de 2024
• Data de Término da vigência: 17 de novembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Quantitativa
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Guilherme Alexandre Luz da Costa
• Supervisor: Marcelo Mollinari
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: North Carolina State University (NC State), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 22/10841-1 - Melhoramento de feijoeiro comum visando à resistência ao nematoide das galhas, BP.DR
• Assunto(s): Locos de características quantitativas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Fine-mapping | Qtl | Mapeamento de QTL

Resumo

O aumento da resolução do mapeamento de QTL pode ajudar na identificação das regiões genômicas menores que afetam, por exemplo, interações planta-patógeno, permitindo mapeamento mais preciso. Um método comum para alcançar esse mapeamento mais preciso envolve acumular eventos de recombinação através do desenvolvimento e uso de linhas endogâmicas recombinantes. Essa abordagem divide grandes regiões genômicas em segmentos menores, facilitando a identificação precisa dos genes candidatos. Outra estratégia que agora está sendo usada para melhorar a precisão e a compreensão da arquitetura genética das características é o uso da análise conjunta de múltiplas populações de mapeamento interconectadas. O objetivo deste projeto é primeiro realizar uma análise de mapeamento fino conjunto, considerando a população F2 combinada com uma população de RIL recém-desenvolvida e, em segundo lugar, identificar as regiões genômicas envolvidas na interação complexa entre o feijão comum e o nematóide das galhas. Essa abordagem combinada aproveita os pontos fortes de ambas as populações, aumentando o tamanho da amostra e melhorando a robustez e a resolução dos esforços de mapeamento QTL. Para isso, o mapa será construído usando a tecnologia Hidden Markov Model (HMM), com probabilidades de transição específicas adaptadas a cada população usando uma adaptação do software Mappoly2. Uma técnica de seleção de modelo, group Lasso, será implantada para identificar o modelo mais apropriado. A busca e a identificação de genes candidatos serão realizadas usando ferramentas bioinformáticas. Portanto, esperamos integrar os resultados obtidos anteriormente por nosso grupo de pesquisa, a fim de elucidar a arquitetura genética e o mecanismo de resposta do feijão comum à infecção por nematóides.