Análises genômicas integrativas: do superpangenoma às vias biossintéticas em espécies de Coffea

• Processo: 25/05520-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia
• Pesquisador responsável: Douglas Silva Domingues
• Beneficiário: Daisy Sotero Chacon
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 23/03353-3 - Preenchendo lacunas entre recursos biológicos no gênero Coffea e os novos desafios do melhoramento frente às mudanças globais: BRIDGES-COFFEA, AP.R
• Assunto(s): Biologia computacional Coffea Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | biosynthesis | Coffea | RNA-seq | superpangenome | Recursos moleculares para espécies de interesse ao melhoramento

Resumo

O gênero Coffea, pertencente à família Rubiaceae, compreende cerca de 141 espécies, sendo ocafé uma das bebidas mais consumidas globalmente. O Brasil, é o maior produtor e exportador,desempenhando um papel fundamental na produção mundial. Atualmente, a produção de caféestá concentrada em duas espécies principais: Coffea arabica e Coffea canephora, que, emboradominem o mercado global, enfrentam alta vulnerabilidade às mudanças climáticas, com proje-ções indicando perdas significativas. Por outro lado, as espécies silvestres de Coffea oferecemum potencial genético promissor para o melhoramento, podendo apresentar características como maior resistência a pragas e doenças, além de maior tolerância a condições ambientais adversas.A construção de um superpangenoma dessas espécies é uma estratégia relevante para exploraresse potencial. Em conjunto com essa abordagem, o estudo de variações estruturais (SVs), podefornecer valiosos subsídios sobre a adaptação destas espécies e plasticidade ambiental. Esse co-nhecimento pode ser ainda complementado pela análise das vias biossintéticas de compostosbioativos, essenciais tanto para a defesa das plantas quanto para as características sensoriais do café. Dessa forma, este projeto propõe investigar a diversidade genômica e a evolução das vias biossintéticas em espécies comerciais e silvestres de Coffea por meio da genômica comparativa e análises integrativas. Os resultados obtidos poderão servir como base para estudos de evolução genômica e manejo de recursos genéticos voltados ao melhoramento do café, além de oferecer um recurso genômico para a comunidade científica interessada nesta cultura de importância global.