Validação multicêntrica e automação do protótipo NEOPROFILER-MB, um exame molecular para classificação de Meduloblastoma baseado na tecnologia do RT-qPCR e inteligência artificial

• Processo: 25/13848-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2027
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Saúde Materno-infantil
• Pesquisador responsável: Ricardo Bonfim Silva
• Beneficiário: Ricardo Bonfim Silva
• Empresa: Neogenys Diagnóstico Molecular Ltda
• CNAE: Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências físicas e naturais ; Atividades de serviços de complementação diagnóstica e terapêutica
• Vinculado ao auxílio: 24/16668-5 - Validação Multicêntrica e Automação do Protótipo NEOPROFILER-MB, um exame molecular para classificação de Meduloblastoma baseado na tecnologia do RT-qPCR e Inteligência Artificial, AP.PIPE
• Assunto(s): Oncologia molecular Oncologia pediátrica Meduloblastoma Técnicas de diagnóstico molecular Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR) Inteligência artificial
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: classificador molecular | Diagnóstico Molecular | Inteligência Artificial | Meduloblastoma | Oncologia Pediatrica | RT-qPCR | Oncologia Molecular

Resumo

Meduloblastoma é o tumor maligno do sistema nervoso central mais frequente em crianças e estima-se mundialmente cerca de 30 mil crianças acometidas pelo tumor por ano. De acordo com a Organização Mundial de Saúde (OMS) esse tumor é subdividido molecularmente em 4 subgrupos: WNT, SHH (TP53 selvagem ou TP53 mutado) e Não-WNT/SHH (Grupo 3 e 4). Estes subgrupos possuem características moleculares e clínicas distintas, e diferem no prognóstico dos pacientes impactando na estratificação de risco e no tipo de tratamento a ser utilizado. Por exemplo, o subgrupo WNT é o de melhor prognóstico comparado aos outros, com uma sobrevida global de 95% em 5 anos e uma frequência de 1 a cada 3 pacientes. Estudos clínicos de fase II nos EUA visam o descalonamento da radioterapia e/ou quimioterapia em pacientes com meduloblastoma WNT, reduzindo, a longo prazo, sequelas ocasionadas principalmente pela radiação. Para os pacientes pertencentes ao subgrupo SHH e não-WNT/SHH (Grupo 3 e 4), há a necessidade de adaptação no protocolo de tratamento, uma vez que apresentam, respectivamente, prognóstico intermediário e ruim. Este protocolo quando utilizado no Brasil impactará positivamente a qualidade de vida dos pacientes e a redução do orçamento dos hospitais públicos, destacando a importância da abordagem de classificação molecular para uma medicina de precisão que visa estabelecer o protocolo "ideal" para os diferentes subtipos de tumor. No projeto PIPE - Fase 1, alcançamos um marco significativo ao desenvolver o protótipo do exame de classificação molecular do meduloblastoma, o NEOPROFILER-MB, validando-o em amostras incluídas em parafina (FFPE - formalin-fixed, paraffin-embedded). O método tem como base a Taqman Low Density Array (TLDA), um array card com 20 genes para 4 amostras/pacientes. Concomitantemente, identificamos um conjunto de 6 genes com potencial de classificar molecularmente os 4 subtipos moleculares do meduloblastoma com acurácia similar à TLDA. Esse método foi denominado OnDemand, pois analisa amostras individuais, reduzindo tanto o tempo geral de processamento do exame quanto reduzindo o custo final por amostra. Apesar dos excelentes resultados alcançados na Fase 1, reconhecemos que a validação apresentou limitações devido ao pequeno número e baixa diversidade das amostras, todas provenientes de um único centro, o Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto. Diante disso, o objetivo deste projeto PIPE-FAPESP de Fase 2 é validar, em um número maior de amostras FFPE e de forma multicêntrica, o protótipo de exame de classificação molecular do meduloblastoma nas plataformas TLDA e OnDemand e desenvolver um software classificador molecular baseado em inteligência artificial com interface "user-friendly" para análise e emissão dos resultados de forma automatizada. Para desenvolver esta proposta, a NEOGENYS possui o apoio de pesquisadores associados e colaboradores, e um convênio para uso da infraestrutura do Laboratório de Biologia Molecular do Departamento de Pediatria do HCFMRP-USP. Para a validação multicêntrica e expansão amostral, a NEOGENYS estabeleceu parceria com hospitais e institutos internacionais, como a Universidade Federal do Rio Grande do Sul, o Hospital AC Camargo, a Universidade de Guadalajara no México e o Hospital San Juan Garrahan na Argentina. A expertise dos membros e colaboradores/parceiros científicos e clínicos da NEOGENYS posicionará o exame de classificação molecular do meduloblastoma como uma referência na área, oferecendo aos médicos e pacientes uma solução diagnóstica avançada e confiável. Acreditamos que essa inovação tecnológica é fundamental para impulsionar ainda mais o crescimento e sucesso de nossa startup, permitindo-nos alcançar nossos objetivos de democratizar o acesso aos testes moleculares na área de oncologia, com potencial internacional para impactar na saúde pública e qualidade de vida de pacientes oncológicos, e continuar contribuindo para o avanço da medicina oncológica e de precisão.