Validação funcional de elementos cis regulatórios selecionados em Trypanosoma cruzi usando ensaio de gene repórter

• Processo: 25/20165-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 29 de dezembro de 2025
• Data de Término da vigência: 28 de junho de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Julia Pinheiro Chagas da Cunha
• Beneficiário: Letícia de Sousa Lopes
• Supervisor: Martin Craig Taylor
• Instituição Sede: Instituto Butantan. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: London School of Hygiene and Tropical Medicine, Inglaterra
• Vinculado à bolsa: 22/15610-8 - Identificação de sítios de início de transcrição e possíveis regiões promotoras em Trypanossoma cruzi, BP.DR
• Assunto(s): Trypanosoma cruzi
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: luciferase assay | regulatory elements | transcription initiation | transcription regulation | Trypanosoma cruzi | Genética de tripanossomatídeos

Resumo

O agente etiológico da doença de Chagas, Trypanosoma cruzi, possui um genoma organizado em compartimentos: o compartimento central, que abriga genes housekeeping, e o compartimento disruptivo, que contém genes de virulência. Seus genes são transcritos em unidades policistrônicas (PTUs), que não apresentam correlação funcional entre si e exibem diferentes padrões de expressão gênica. Nos últimos anos, nosso grupo de pesquisa tem se dedicado a compreender os mecanismos regulatórios, em nível de cromatina, envolvidos na expressão gênica em T. cruzi. Demonstramos que as regiões do compartimento central apresentam menos interações DNA-DNA e níveis mais elevados de cromatina aberta, resultando em um estado de cromatina mais transcricionalmente ativo. Em contraste, as regiões disruptivas apresentam maior número de loops de cromatina, menores níveis de cromatina aberta, caracterizando-se como mais fechadas e com atividade transcricional reduzida.Nossas análises revelaram que as regiões de troca de fita divergentes (dSSRs, do inglês divergent strand switch regions) estão localizadas próximas a sítios enriquecidos com H2B.V e exibem marcas epigenéticas e elementos cis-regulatórios distintos, dependendo da associação a PTUs do compartimento central ou do compartimento disruptivo. Além disso, o projeto de doutorado FAPESP da Letícia mapeou experimentalmente diversos sítios de início de transcrição (TSSs), tanto em dSSRs quanto fora dessas regiões, a partir do sequenciamento de pequenos RNAs trifosfatados (3p-sRNAs) obtidos de formas epimastigotas.Com base nesses achados, no presente projeto BEPE propomos avaliar a atividade transcricional de sequências selecionadas enriquecidas em 3p-sRNAs, a fim de determinar se são capazes de ativar a transcrição in vivo, validando-as funcionalmente por meio de ensaios com gene repórter. Para isso, iremos manipular geneticamente linhagens celulares do parasita para expressar um cassete contendo o gene repórter luciferase inserido em um locus silenciado, com os elementos cis-regulatórios selecionados clonados a montante.Com essas análises, pretendemos avançar na identificação e caracterização de elementos regulatórios em T. cruzi, combinando diferentes estratégias para elucidar os mecanismos que controlam a expressão gênica nesse parasita.