Metodologia de SHERLOCK para diagnóstico de bactérias causadoras de sepse e genes de resistência associados

• Processo: 25/28757-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2026
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Sergio Schenkman
• Beneficiário: Ana Caroline de Castro Nascimento Sousa
• Supervisor: Lucy Glover
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Institut Pasteur, França
• Vinculado à bolsa: 23/10416-1 - Uso da metodologia de CRISPR-Cas12 para o diagnóstico de bactérias infecciosas de ambiente hospitalar, BP.DR
• Assunto(s): Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas Doenças transmissíveis Sepse
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Crispr | CRISPR-Cas13a | Doenças Infecciosas | sepse | Sherlock | Diagnóstico molecular de patógenos

Resumo

Doenças infecciosas representam um desafio global de saúde que afeta bilhões de pessoas e podem ser causadas por patógenos como bactérias, vírus, fungos e parasitas. Essas doenças são responsáveis por uma carga significativa de incapacidade e mortalidade, impactando a dinâmica social e econômica de todos os continentes. Fatores como o aquecimento global contribuíram para o aumento de patógenos multirresistentes, doenças tropicais e doenças transmitidas por vetores. Infecções associadas à sepse e/ou choque séptico, causadas por uma ampla gama de gêneros bacterianos, também são uma grande preocupação devido à sua forte associação com morbidade e mortalidade em indivíduos hospitalizados. Essas condições dependem fortemente dos resultados oportunos de testes diagnósticos para orientar a terapia antibiótica adequada e prevenir desfechos fatais. Portanto, o desenvolvimento de metodologias diagnósticas mais eficazes e confiáveis é cada vez mais necessário, não apenas para garantir o tratamento oportuno, mas também para prevenir a disseminação desses patógenos. Os métodos diagnósticos tradicionais (técnicas microbiológicas, imunológicas e moleculares, como a reação em cadeia da polimerase, PCR) usados para detectar o material genético do patógeno frequentemente apresentam limitações, incluindo longos tempos de processamento, altos custos e sensibilidade ou especificidade subótimas. Nesse contexto, a tecnologia CRISPR (Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas) emergiu como uma alternativa promissora, oferecendo diagnósticos rápidos, sensíveis e precisos para doenças infecciosas. Os dados preliminares do nosso grupo, apresentados aqui, demonstram que fomos capazes de otimizar o sistema CRISPR-Cas12 para o diagnóstico molecular de infecções causadas por bactérias patogênicas comumente encontradas em ambientes hospitalares, com foco particular em Unidades de Terapia Intensiva (UTI), como Acinetobacter baumannii e Escherichia coli. Assim, nesta proposta BEPE, em colaboração com a Dra. Lucy Glover do Instituto Pasteur, pretendemos utilizar uma nova abordagem para o diagnóstico de sepse, adquirindo experiência na metodologia SHERLOCK, que utiliza o sistema Cas13a para a detecção da bactéria de interesse, a presença de genes de resistência e o desenvolvimento de uma estratégia multiplex para aumentar a sensibilidade dos nossos testes. (AU)