Análise de Expressão de Mediadores de Caquexia em Subtipos de Fibroblastos no Adenocarcinoma Pancreático utilizando Dados de Bulk e Single-Cell RNA-Seq

• Processo: 26/15756-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2026
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Morfologia - Histologia
• Pesquisador responsável: Robson Francisco Carvalho
• Beneficiário: Luiza Camilo dos Reis
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Carcinoma ductal pancreático Caquexia Microambiente tumoral Transcriptômica Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: adenocarcinoma ductal pancreático | caquexia | deconvolução digital | microambiente tumoral | Transcriptômica | Bioinformática

Resumo

O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma das neoplasias mais agressivas, caracterizada por elevada letalidade e por diagnóstico frequentemente tardio. Além da progressão tumoral, pacientes com ADP apresentam uma das maiores incidências de caquexia associada ao câncer, uma síndrome multifatorial e sistêmica caracterizada pela perda progressiva de massa muscular esquelética, com ou sem perda de tecido adiposo, que compromete a capacidade funcional, reduz a resposta aos tratamentos e contribui para a piora da sobrevida. A caquexia é mediada por uma complexa rede de fatores produzidos tanto pelas células tumorais quanto pelos componentes do microambiente tumoral (MAT). Entre esses componentes, os fibroblastos associados ao câncer (CAFs) têm emergido como importantes moduladores da progressão tumoral e da remodelação do MAT. Entretanto, sua contribuição específica para os mecanismos associados à caquexia ainda é pouco compreendida. Este projeto tem como objetivo investigar a expressão de mediadores associados à caquexia em diferentes subtipos de CAFs no ADP, por meio da integração de dados de sequenciamento de RNA em célula única (scRNA-seq) e de transcriptômica em larga escala (bulk RNA-seq). Serão utilizados dados de scRNA-seq disponíveis no Curated Cancer Cell Atlas (3CA) e dados de bulk RNA-seq provenientes do The Cancer Genome Atlas (TCGA) e do Genotype-Tissue Expression (GTEx). Inicialmente, serão identificadas e caracterizadas as subpopulações de CAFs a partir de dados de células únicas, cujas assinaturas gênicas serão posteriormente empregadas em análises de deconvolução digital com a plataforma CIBERSORTx. Paralelamente, será realizada análise de expressão diferencial entre amostras tumorais e controles utilizando o pacote DESeq2, com foco na avaliação da expressão dos genes de CAFs e de mediadores associados à caquexia. Adicionalmente, será conduzida uma análise de sobrevida, baseada nos dados clínicos do TCGA, para avaliar a relevância prognóstica dos genes e assinaturas identificados, correlacionando seus níveis de expressão com a sobrevida global dos pacientes. (AU)