Desenho e validação de iniciadores específicos para o gene 16S rRNA de Verrucomicrobia

• Processo: 09/15027-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Ciência do Solo
• Acordo de Cooperação: CNPq - Pronex
• Pesquisador responsável: Tsai Siu Mui
• Beneficiário: Marcela Arnaldo
• Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/58114-3 - Monitoring the microbial diversity and functional activities in response to land-use changes and deforestation under soybean and sugarcane cultivations, AP.PFPMCG.TEM
• Assunto(s): Verrucomicrobia Análise de sequência de DNA Filogenia RNA ribossômico 16S
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: gene 16S rRNA | não-cultiváveis | Sequenciamento DNA | Verrucomicrobia | Ecologia Microbiana Molecular

Resumo

Atualmente, existem poucos casos em que se obteve êxito no cultivo de bactérias do filo Verrucomicrobia. Entretanto, estudos que utilizam o gene 16S rRNA como marcador filogenético revelaram que este filo possui uma grande diversidade e que os micro-organismos que o compõe estão presentes em uma variedade de ecossistemas, sendo particularmente abundantes nos solos. Apesar disso, ainda é considerada relativamente pequena a quantidade de informações obtidas até o momento a respeito das atividades metabólicas e das funções ecológicas desempenhadas por Verrucomicrobia, de modo que o desenvolvimento de técnicas que possibilitem o estudo dessas bactérias em diferentes ambientes é extremamente importante para aumentar a compreensão a respeito de sua natureza. Embora já tenham sido desenvolvidos alguns iniciadores específicos para o gene 16S rRNA de Verrucomicrobia, testes realizados mostraram que estes também apresentam capacidade de amplificar sequências de micro-organismos não-alvo, sugerindo a necessidade de se desenhar novos iniciadores. Dessa forma, esta proposta visa desenhar iniciadores específicos para o gene 16S rRNA de Verrucomicrobia a partir de sequências previamente obtidas de bibliotecas genômicas de solos tropicais da Amazônia e validar tais iniciadores utilizando amostras de DNA genômico extraídas de solos tropicais sob diferentes usos na região sudeste da Amazônia. Este plano foi definido em concordância com os objetivos do Projeto Temático FAPESP, proc. nº 08/58114-3, especialmente no que se refere à aplicação de técnicas moleculares para a detecção de bactérias micro-organismos em solos da região sudeste da Amazônia. (AU)