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Sequenciamento de fragmentos do genoma de Leifsonia xyli subsp. cynodontis e análise comparativa ao genoma de Leifsonia xyli subsp.xyli

Processo: 04/00824-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de maio de 2004
Vigência (Término): 30 de abril de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Beneficiário:Raphaelle Komatsu Dalla Valle
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:01/12613-0 - Análise comparativa e funcional dos genomas de Leifsonia xyli subsp. xyli e Leifsonia xyli subsp. cynodontis, AP.JP
Assunto(s):Genômica

Resumo

Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) é uma bactéria patogênica a cana-de-açúcar cujo genoma foi seqüenciado completamente pela rede AEG/ONSA/FAPESP. Uma outra subespécie, Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc), é capaz de colonizar o xilema de cana-de-açúcar sem no entanto provocar doença. O objetivo geral deste projeto é comparar a organização e a composição de genes dos genomas de isolados dessas duas subespécies e levantar hipóteses sobre o seu comportamento diferencial com relação ao hospedeiro. Como uma alternativa ao seqüenciamento completo de Lxc, realizou-se a construção de uma biblioteca em BAC do genoma de Lxc cujos insertos tiveram suas extremidades seqüenciadas e mapeadas no genoma de Lxx. Este projeto pretende selecionar clones desta biblioteca, seqüenciar completamente os insertos utilizando a estratégia de shotgun e comparar as seqüências obtidas±às regiões equivalentes do genoma de Lxx. Serão selecionados os clones cujo mapeamento das extremidades dos insertos no genoma de Lxx foi incoerente, ou seja, a distância entre as extremidades seqüenciadas estimada com base no posicionamento de ambas em relação ao genoma de Lxx ultrapassa o tamanho estimado experimentalmente para cada inserto. (AU)