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Estudos estruturais e biofísicos de complexos formados entre receptores nucleares, seus ligantes, elementos responsivos de DNA e proteínas co-reguladoras

Processo: 08/00078-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2008
Vigência (Término): 31 de agosto de 2010
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
Pesquisador responsável:Igor Polikarpov
Beneficiário:Ana Carolina Migliorini Figueira
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:06/00182-8 - Biofísica estrutural dos receptores nucleares e proteínas relacionadas, AP.TEM
Assunto(s):Cristalografia de proteínas   Fluorescência   Receptores citoplasmáticos e nucleares   Espalhamento de raios X a baixos ângulos   Espectrometria de massas

Resumo

Os receptores nucleares (RNs) são proteínas envolvidas em importantes funções fisiológicas do organismo, sendo responsáveis pela regulação da transcrição de genes-alvo. O modo de ação dos RNs ocorre por meio de uma série de eventos sinergísticos e complexos que exigem diferentes formas de regulação, entretanto, os aspectos mecanísticos dos RNs ainda não foram bem compreendidos. Geralmente os RNs estão complexados a co-repressores, impedindo a transcrição de determinados genes. A presença do ligante induz à heterodimerização com o parceiro receptor de 9-cis retinóico (RXR) e o recrutamento de coativadores, para a indução da maquinaria transcricional. Outros receptores, chamados receptores órfãos, também podem ativar a transcrição após a complexação a coativadores sem a presença de ligantes, porém os detalhes de como esta ativação ocorrem ainda não são bem definidos. Todos esses receptores atuam ligados em elementos responsivos (HRES), localizados no DNA. Este projeto se propõe a aumentar a compreensão sobre a ação dos complexos macromoleculares formados pelos RNs, focando principalmente nas bases moleculares da sua montagem, interações e reconhecimentos. Através dos estudos de complexos formados por heterodímeros dos receptores TR e NGFI com o RXR) e dos estudos das interações destes heterodímeros com moléculas correguladoras (ALien e TRAP), além dos HRES, pretende-se estudar detalhes finos de como essas interações ocorrem. As principais técnicas a serem utilizadas neste trabalho serão SAXS e a troca de hidrogênio-deutério, seguida por espectrometria de massas, além da cristalografia de proteínas. Com essas metodologias pretende-se determinar modelos a baixas resoluções destes complexos e propor como reconhecimento entre as proteínas e proteína+DNA ocorrem. O objetivo deste projeto é o de avançar, do ponto de vista estrutural e biofísico, na busca do conhecimento funcional dos receptores nucleares, sobre os eventos de reconhecimento e complexação a proteínas correguladoras e DNA. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BERNARDES, AMANDA; BATISTA, FERNANDA A. H.; NETO, MARIO DE OLIVEIRA; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.; WEBB, PAUL; SAIDEMBERG, DANIEL; PALMA, MARIO S.; POLIKARPOV, IGOR. Low-Resolution Molecular Models Reveal the Oligomeric State of the PPAR and the Conformational Organization of Its Domains in Solution. PLoS One, v. 7, n. 2 FEB 21 2012. Citações Web of Science: 12.
FIGUEIRA, A. C. M.; SAIDEMBERG, D. M.; SOUZA, P. C. T.; MARTINEZ, L.; SCANLAN, T. S.; BAXTER, J. D.; SKAF, M. S.; PALMA, M. S.; WEBB, P.; POLIKARPOV, I. Analysis of Agonist and Antagonist Effects on Thyroid Hormone Receptor Conformation by Hydrogen/Deuterium Exchange. MOLECULAR ENDOCRINOLOGY, v. 25, n. 1, p. 15-31, JAN 2011. Citações Web of Science: 31.
MIGLIORINI FIGUEIRA, ANA CAROLINA; LIMA, LUIS MAURICIO T. R.; LIMA, LEONARDO H. F.; RANZANI, AMERICO T.; MULE, GUILHERME DOS SANTOS; POLIKARPOV, IGOR. Recognition by the Thyroid Hormone Receptor of Canonical DNA Response Elements. BIOCHEMISTRY, v. 49, n. 5, p. 893-904, 2010. Citações Web of Science: 10.

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