Desenvolvimento de componentes de anotacao de sequencias para o sistema egene de geracao de pipelines.

• Processo: 04/12873-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2005
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2006
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Arthur Gruber
• Beneficiário: Milene Ferro
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Projeto genoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotacao Automatizada | Anotacao De Gene | Bioinformatica | Linguagem Peri | Pipeline | Projeto Genoma

Resumo

As análises de Bioinformática freqüentemente requerem o uso coordenado de várias ferramentas distintas que devem ser associadas umas com as outras. Recentemente o nosso grupo desenvolveu um sistema de geração de pipelines denominado EGene (Gruber et al., 2004). EGene é um sistema modular, flexível e genérico, concebido para facilitar a tarefa de integrar diferentes programas de acordo com a necessidade de cada projeto, e sem requerer nenhum conhecimento formal de linguagens de programação. O sistema EGene é composto atualmente de um conjunto de componentes que permitem a construção de pipelines para o processamento automatizado de seqüências para a pré-anotação. Porém, não foram ainda desenvolvidos componentes para a anotação de seqüências de DNA e proteínas. O presente projeto de Iniciação Científica tem como objetivo o desenvolvimento de um conjunto de componentes compatíveis com o sistema EGene, que permitam, de forma automatizada, a dedução de ORFs e sua tradução, a detecção de genes de tRNA, a identificação de seqüências satélite, análises de similaridade com o Blast e a predição de genes com diferentes programas. (AU)